关键词:
鼠伤寒沙门菌
YbiB蛋白
蛋白纯化
晶体培养
蛋白结构解析
摘要:
目的通过蛋白表达纯化、晶体X射线衍射技术解析鼠伤寒沙门菌YbiB蛋白的结构,为进一步探索YbiB蛋白参与的生物学过程及功能研究提供结构基础。方法分子克隆ybiB基因,插人pGL01表达载体,构建ybiBpGL01重组质粒。诱导并纯化目标蛋白后进行晶体培养。通过上海光源SSRF光束线站收集YbiB蛋白晶体衍射数据,解析鼠伤寒沙门菌YbiB蛋白的三维结构信息。按照PDB官网的要求逐步填充YbiB蛋白的相关信息和结构参数。分析鼠伤寒沙门菌YbiB蛋白的结构特点并推测其功能。结果成功构建了融合表达质粒ybiB-pGL01并转化到BL21感受态细胞中;IPTG诱导表达YbiB蛋白,纯化后蛋白浓度为0.45mg/mL;在0.1mol/L Sodium acetate trihydrate pH 4.5,3.0mol/L Sodium chloride条件下,晶体呈长方体状;晶体衍射分辨率为2.34A;解析出鼠伤寒沙门菌YbiB的蛋白晶体结构并上传PDB数据库,PDB号为7Y3P;鼠伤寒沙门菌YbiB呈头对头的二聚体结构,且单体结构折叠成磷酸核糖基转移酶Ⅲ型家族蛋白的双叶状结构,与大肠埃希菌YbiB在结构上极其相似,有着相似的表面静电势能分布;鼠伤寒沙门菌YbiB和大肠埃希菌YbiB两个蛋白的PRPP或磷酸结合位点(天冬酰胺N89和酪氨酸Y88)、DNA结合位点(精氨酸R172和组氨酸H115)都高度保守。结论鼠伤寒沙门菌YbiB蛋白在原核表达体系中稳定表达,纯化后的蛋白也可用于晶体培养。YbiB蛋白结构成功解析并上传至PDB数据库。结构分析表明,鼠伤寒沙门菌YbiB与大肠埃希菌YbiB可能有着相似的DNA结合机制。