关键词:
模块化分析
非负张量分解
丹红注射液
异病同治
动态时空
摘要:
研究背景
心脑血管疾病作为全世界的高发疾病,一直是医学研究的热点,针对这类疾病的预防和治疗,中医药发挥了重要作用。心脑同治,也称脑心同治,是中医心脑血管疾病治疗的著名学说之一,其理论源于中医的异病同治,通过临床实践得到证实,并开发出了相应的药物,疗效得到证实。丹红注射液是临床长期用于缺血性心脑血管疾病的药物,大量临床试验、系统评价和荟萃分析已经证实了丹红注射液对冠心病和脑梗死的有效作用,也是心脑同治的经典药物。为更好地探寻丹红注射液心脑同治的药理机制,突出中医药特色,亟待寻找新方法,突破旧有模式,打开新的思路,解释中药复方的有效性。中药复方是一个多成分、多作用靶点和多作用途径的复杂系统,随着治疗时间的变化,疾病的进展和痊愈也在发生着动态改变,同时,异病同治状态下,不同的疾病相互作用又带来空间上的复杂结构。既往的静态单一网络分析不适用于全面解析中药复方异病同治状态下疗效关联的动态时空变化机制。因此,对于当下亟需引入一种整体系统的高维数据降维解析方法,全面整合不同疾病状态下,药物随时间变化的异病同治动态时空变化的机制,这也为中医精准医疗创造了基础条件。
研究目的
1.建立模块化张量分解方法,识别丹红注射液心脑同治状态下的动态时空靶点集合,通过对时序效应的分析,解析丹红注射液心脑同治的药理机制,并通过不同疾病维度的分析,进一步揭示心脑同治状态下的疾病差异效应机制。
2.实现新方法在中医药研究中的突破,挖掘模块化张量分解方法在中医药环境下的应用潜能,应用张量分解加模块化分析思路,融合复杂网络计算手段,通过实际的中医药临床测序数据改进张量分解方法,构建适合中医药应用的张量分解模型,以心脑同治为切入点,实现异病同治机制研究方法学的新突破。
材料
本研究的数据来自两项课题组前期完成的适应性、随机、多中心、双盲、安慰剂对照试验:丹红注射液治疗慢性稳定性冠心病Ⅳ临床试验(NCT01681316)以及丹红注射液治疗急性脑梗死Ⅳ临床试验(NCT01677208)。本研究所有患者随机分配接受了14天的丹红注射液或安慰剂(0.9%生理盐水)治疗。整个临床试验随访期为90天。两个临床试验结果,显示14天丹红注射液的治疗可以有效改善冠心病患者心绞痛发作频率;可以改善急性脑梗死患者发病第90天的改良rankin评分。
本研究中使用的测序数据分别来自这两项临床试验中的62例冠心病患者和39例脑梗死患者的临床队列测序数据。此外,还收集了 10例健康人的血清样本进行RNA测序,作为正常对照组。在基线(第0天)、治疗后(第14天)和随访(冠心病第30天/脑梗死第90天)收集患者血清样本进行RNA测序。0天,14天和30/90天时,每个病人的状态评估使用相关疾病评分量表,使用西雅图心绞痛量表(SAQ)评价稳定性冠心病和改良Rankin量表评价脑梗死神经功能。最后纳入3个时间点完整收集的丹红注射液治疗组患者,共56例,选取32例冠心病以及24例脑梗死患者。
研究方法
1.差异基因网络构建
首先使用Limma方法,将两种疾病基线(第0天)的基因表达量分别与正常组比较,获得p值<0.05,fold值>2倍的基因,作为疾病的差异基因,再汇总取并集后得到两个疾病与正常组比较的差异基因,并进行富集分析,解析心脑血管疾病的共性病理机制。然后采用WGCNA的一致性网络构建方法,利用两个疾病的差异表达基因,分别构建三个时间点心脑同治的加权差异基因共表达网络,作为后续进行张量分解的基本网络结构。同时,采用一致性网络共识模块识别方法,识别单一时间点网络心脑同治的共识模块,在两个治疗时刻(第2时刻和第3时刻),通过多个关键模块拓扑学指标综合秩和比指数,选取秩和比最小的模块,作为该时刻的主要模块,富集该模块的生物学功能,分析不同治疗时刻的心脑同治的机制。
2.模块化张量分解及动态差异基因模块识别
比较不同张量分解策略,选用合适方法,构建张量。将不同时刻下的共识差异基因加权共表达网络矩阵,融合成为三阶张量(样本×基因×时间),对张量执行非负Tucker分解,得到核心张量和因子矩阵,再对分解后得到的因子矩阵进行特征提取,对基因维度的特征进行K-means聚类,通过设置K-means聚类个数参数(2-20个),分别得到2-20类基因社团,也即基因模块,通过模块度的值进行模块识别稳定性判断,度值越大,稳定性越好,选取度值最大,作为张量分解的模块识别结果。再采用Group Lasso方法,分别计算模块与相应的稳定性冠心病和急性脑梗死的疗效结局(稳定性冠心病为西雅图心绞痛量表的心绞痛频率值(SAQ-AF);急性脑梗死为改良Rankin量表)的标准coef值,筛选每个疾病在两个治疗时刻coef绝对值均排名前5的模块为心脑同治的动态差异基因模块。
3.基于动态差异基因模块和模块网络分