关键词:
雷琼牛
陆丰牛
半腱肌
lncRNA
RNA-Seq
肉质
摘要:
旨在了解长链非编码RNA(lncRNA)调控骨骼肌发育和脂肪沉积的遗传基础,以陆丰牛和雷琼牛的半腱肌作为样本进行转录组分析,挖掘影响骨骼肌发育和脂肪沉积的关键lncRNA。本研究选用年龄为4个月龄,饲养状况相同的雌性雷琼牛和陆丰牛各4头,提取半腱肌的RNA后进行转录组测序,以Q<0.05为阈值筛选出差异基因,并进行GO和KEGG富集分析、lncRNA-miRNA-mRNA调控网络以及顺式靶向调控网络的构建。最后通过RT-qPCR检验差异基因的表达水平,验证测序结果的可靠性。结果显示,以雷琼牛作为对照组,差异表达的lncRNA有146个,其中71个下调,75个上调,差异表达的mRNA有355个,其中180个下调,175个上调,差异表达的miRNA有34个,其中29个下调,5个上调。对lncRNA进行GO富集分析,结果显示其主要富集在了钙激活的钾通道活性、肌动球蛋白收缩环、蛋白激酶A调节亚基结合、肌球蛋白II复合物等,KEGG富集分析结果显示,其主要富集在cGMP-PKG信号通路、RNA转运、Gap连接、胰岛素分泌等通路。根据lncRNA和mRNA的位置关系进行顺式靶向调控作用的预测,筛选到了8个mRNA被7个lncRNA靶向调控,其中DKL 1与肌肉发育相关。然后通过构建ceRNA调控网络,筛选出影响肌肉发育以及脂肪沉积的竞争性调控子网络,其中筛选到与肌肉发育相关的基因有ELN和FBOX 32,与脂肪沉积相关的基因有SLC 27A6和FABP 5。RT-qPCR结果显示,9个差异表达基因的表达水平和转录组测序的表达趋势一致,说明测序结果可靠。本研究发现,雷琼牛和陆丰牛半腱肌中差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA,并发现了一些差异lncRNA、mRNA和miRNA可能存在的调控关系,对于揭示肌肉发育以及肌内脂肪沉积的分子调控机制具有重要意义,也为提高华南黄牛的肉用性能提供理论基础。