关键词:
食管鳞癌
结直肠腺癌
单核苷酸多态性
全外显子测序
生存分析
摘要:
浙江食管癌高发区,如天台、仙居等,部分居民历史上是河南人群迁徙而来,这些人群食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)和结直肠腺癌(colorectal adenocarcinoma, CRA),在地域分布、致病危险因素、发病模式和主要分子变化存在明显的相似性.但是,这些人群ESCC和CRA遗传易感性的分子基础对比研究甚少.本研究基于382例河南ESCC患者和73例浙江CRA患者全基因组外显子测序(whole exome sequencing, WES)结果,分析两者单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)变化特征及其对生存的影响,加深这两种肿瘤遗传相关性的认识,为精准防治提供理论依据.利用基因组变异识别工具软件(ANNOVAR)对WES测序获得的SNP位点进行功能注释, ESCC和CRA共发现314421个SNP位点,其中, ESCC和CRA相同的SNP共63661个,在编码区发生错义突变7569个.最常见的突变基因型是G→A(1467个, 19.38%)和C→T(1410个, 18.63%).多因素Cox回归分析发现3个共同独立影响ESCC和CRA生存的SNP位点(rs1059632、rs11525962和rs71454094).但是, rs1059632突变基因型在ESCC中起保护作用(OR值=0.699), rs1059632突变基因型患者生存明显优于野生型;而CRA与此相反, rs1059632突变基因型患者生存明显差于野生型(OR值=3.241).这些研究结果加深了对ESCC和CRA遗传易感性分子基础的了解,并为浙江地区ESCC和CRA高发区可能与河南居民迁徙相关的假说提供了依据.