关键词:
环状RNA mmu_circ_0000818
地塞米松
MC3T3-E1细胞
RNA测序
凋亡
摘要:
目的筛选激素性股骨头坏死(steroid-induced osteonecrosis of femoral head,SONFH)成骨细胞中差异表达的凋亡相关环状RNA(circular RNA,circRNA),并研究其对成骨细胞凋亡的作用及机制。方法(1)培养小鼠MC3T3-E1细胞,分为Control组和dexamethasone(DEX)组;(2)采用Western blot检测各组细胞BCL2-Associated X的蛋白质(Bax)和B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白的表达,TUNEL染色和流式细胞术检测细胞凋亡情况;(3)提取正常和DEX处理的MC3T3-E1细胞RNA,进行RNA测序,筛选出差异表达的circRNAs,并通过GO和KEGG分析其功能;(4)筛选出差异表达的mmu_circ_0000818并进行细胞水平验证以及UCSC Genome Browser Gateway和circbase网站分析mmu_circ_0000818在染色体的位置和保守性;(5)构建mmu_circ_0000818过表达质粒及小干扰RNA(siRNA)并转染细胞,流式细胞术检测各组MC3T3-E1细胞凋亡情况。结果(1)与Control组相比,DEX组MC3T3-E1细胞凋亡升高(P<0.01);(2)根据log2foldchange(≥2)和P值(P<0.05)筛选差异表达的circRNAs,与Control组相比,DEX组中共有234个表达差异的circRNAs,其中上调的138个,下调的96个。差异表达circRNAs的靶基因利用GO和KEGG进行富集分析,Apoptosis(凋亡)和PI3K-Akt signaling pathway(磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B信号通路)差异最显著。(3)qRT-PCR结果显示,与Control组相比,DEX组MC3T3-E1细胞中mmu_circ_0000818表达明显升高(P<0.01),UCSC Genome Browser Gateway和circbase分析发现mmu_circ_0000818主要位于17:78712463-78715086,由Crim1基因第6~7外显子环化形成并且在不同物种间具有高的保守性。(4)流式细胞术结果提示抑制mmu_circ_0000818可改善DEX引起的MC3T3-E1细胞凋亡,过表达则促进其凋亡。结论mmu_circ_0000818在DEX处理的MC3T3-E1细胞中显著增高,降低其可抑制DEX引起的细胞凋亡。