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关键词： 禽流感病毒   H9N2亚型   HA基因   序列分析  

摘要： 为了解云南地区流行的H9N2亚型禽流感病毒（avian influenza virus,AIV）的遗传变异情况，并为进一步研究和防控提供依据，采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对2020-2023年云南省部分地区采集的环境标本进行H9N2亚型AIV核酸检测，对阳性标本进行鸡胚病毒分离实验，对病毒分离获得的28株H9N2亚型阳性AIV的血凝素（HA）基因片段进行扩增和测序，利用生物信息软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析，受体结合位点、抗原位点、潜在糖基化等关键位点分析，并构建系统进化树。分析结果显示，28株分离株的HA基因属于欧亚分支Y280为代表的第Ⅰ群，与疫苗株A/chicken/Jiangsu/WJ57/2012在同一分支，核苷酸同源性为90.63%～100%，氨基酸同源性为92.45%～100%，与中国最早分离的疫苗株A/chicken/Beijing/1/1994(H9N2)核苷酸同源性整体较低，为84.18%～85.68%，氨基酸同源性为85.73%～88.72%;28株分离株HA蛋白裂解位点均为PSRSSR↓GLF，受体结合位点存在A198T/V、T163N、N232H、Q234L、Q235M突变，其中Q234L突变具有和人流感受体受体结合的特性；抗原位点仅在234、285、334位点存在变异，其他位点相对保守；分离株存在7～8潜在糖基化位点，主要变异表现在218、492位点的缺失和313、491位点的增加。28株H9N2亚型AIV分离株均为低致病性禽流感病毒，存在人易感位点，与参考株比较发生了一定程度的变异，应加强H9N2亚型AIV病毒的监测，密切关注其变异情况。

关键词： 水-能源-粮食纽带关系   生态系统服务   人地关系理论   耦合研究  

摘要： 开展水-能源-粮食纽带关系（Water-energy-food nexus,WEF-Nexus）与生态系统服务耦合研究已成为当前国内外研究的热点和重点话题。在解读WEF-Nexus、生态系统服务以及二者耦合概念内涵的基础上，从耦合关系、耦合系统、耦合管控三个维度对WEF-Nexus与生态系统服务耦合研究进展进行了总结和梳理，并探讨了目前二者耦合研究存在的不足及未来展望。结果表明，现有耦合研究主要聚焦WEF-Nexus与生态系统服务作用关系和供需关系的分析与探讨、水-能源-粮食-生态耦合系统的构建与评估、耦合系统管控新理念和新方法的提出等。然而，目前WEF-Nexus与生态系统服务耦合研究仍处于起步阶段，尚且缺乏揭示二者交互耦合关系及作用机理的理论体系和技术方法，WEF-Nexus-生态系统服务耦合系统构建及演化机制分析较欠缺，面向资源环境决策管理的实践应用较薄弱。因此，以“耦合关系识别-耦合机理分析-耦合过程与格局刻画-耦合管理应用”为研究脉络，探索构建了未来WEF-Nexus与生态系统服务耦合研究框架，并提出未来研究应更加关注WEF-Nexus与生态系统服务互动耦合机理探究、WEF-Nexus-生态系统服务耦合系统构建及其协同演化机制分析以及面向国土空间管控决策的实践应用，以期满足生态文明建设和美丽中国建设等国家战略需求。

关键词： 新型冠状病毒   亚基因组   感染性标志物   实时荧光定量PCR  

摘要： 新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2，简称“新冠病毒”）导致的新型冠状病毒感染（Coronavirus disease 2019,COVID-19，简称“新冠感染”）引发全球大流行，对世界人民生命安全和正常生活造成巨大影响。疫情期间，区分患者体内病毒传染性是有效控制疾病再次蔓延、节约医疗资源的关键。目前，国内主要采用荧光定量PCR对新冠病毒核酸基因组RNA(GenomicRNA,gRNA)进行检测，该检测方法尚不能区分病毒是否具有感染能力。病毒培养方法是检测新冠病毒传染性的金标准，但该方法对样本要求高，操作繁琐培养时间长，易污染，且需要在生物安全三级实验室（P3实验室）进行，不利于基层实验室大范围应用和推广。多项研究表明新冠病毒在复制过程中产生的亚基因组RNA(Subgenomic RNA, sgRNA)可作为新冠病毒传染性的良好标志物，并通过不同检测方法开展研究。与病毒培养相比，亚基因组检测方法因所需时间缩短、操作简单等，近年来备受国内外关注，在国内外各项研究中均显示出巨大潜力。本文梳理当前新冠病毒亚基因组及其检测方法的研究进展，以期为新冠病毒亚基因组检测的研究提供借鉴。

关键词： 滇重楼   滇黄精   重楼花叶坏死病毒   外壳蛋白   遗传进化  

摘要： 了解重楼花叶坏死病毒(paris mosaic necrosis virus， PMNV)在云南省的发生情况及遗传进化关系，为PMNV的早期诊断和绿色防控提供理论基础。通过RT-PCR对采自云南9个地区的95份滇重楼和39份滇黄精疑似病毒病样品进行PMNV CP基因扩增，经测序后获得的序列用于分析PMNV的系统发育和遗传进化。在134份样品中滇重楼检出率为66.3%，滇黄精检测率为46.2%。研究中共获得了58个PMNV CP序列，序列间核苷酸和氨基酸的相似性分别为84.5%～100%和87.3%～100%，系统发育树分析表明PMNV分为11个亚组；共有5个重组事件发生。遗传进化分析发现负选择在PMNV CP基因序列进化中占主导地位，PMNV群体进化较稳定；地理区域对PMNV CP基因的遗传进化的影响比寄主植物更大，PMNV富源分离物遗传变异显著。不同地理来源的PMNV差异显著，植物寄主、基因重组以及自然选择都会影响PMNV的遗传多样性和遗传分化程度。

关键词： 草本植物分类   卷积神经网络   ResViT模型   干旱半干旱   草地监测  

摘要： 在干旱半干旱城市草地监测领域中，草本植物的分类识别的用处及贡献不容小觑，但当前的深度学习模型在样本数据偏重且规模较小的任务中尚有不足之处。城市草地监测能够有效地评估草地的生长状况，并根据草本植物的分类，对当地生态系统的潜在危害提供判断信息。基于ViT和ResNet50，本文构建了混合神经网络模型ResViT。ResViT在测试集准确率上最高优于AlexNet、ResNet50和VGG19模型，在平均召回率和F1评分上也均优于AlexNet、ResNet50和VGG19模型。ResViT的训练时间约是VGG19的一半。ResViT在16分类任务中测试集达到了95.45%的准确率和0.95的F1评分。综上所述，ResViT模型可以准确的高效的完成草本植物分类的图像识别任务，比其他三种模型均有优势。其在偏重的小规模数据集上展现出了优异的性能，显著降低了前期数据准备的成本，同时提升了训练效率减少了训练时间。因此，ResViT的建立为草本植物分类领域的研究提供了新视角，并有望在干旱半干旱城市草地监测的广泛应用中发挥重要作用。

关键词： 盐生植物   碱蓬   全株玉米   混合青贮   发酵品质   微生物群落  

摘要： 本研究旨在探究不同比例碱蓬（Suaeda salsa）和全株玉米混合青贮对其营养组成、发酵品质和微生物组成的动态影响，提供盐生植物碱蓬适宜加工利用方式。本试验在全株玉米中分别添加20%、40%、60%、80%的盐生植物碱蓬（以鲜样为基础），同时对比100%全株玉米以及100%碱蓬青贮，混合青贮 0d、14d、28d和42d发酵，每个处理每个时间点三个重复。结果表明，随着碱蓬添加比例增加，混合青贮的干物质（DM）、有机质（OM）、中性洗涤纤维（NDF）、酸性洗涤纤维（ADF）、氨氮/总氮(NH3-N/TN)含量降低，粗蛋白（CP）含量和pH提高，细菌组成发生改变，梭菌纲的相对丰度降低，乳酸菌目相对丰度提高。碱蓬混贮比例60%以下时，pH在优质青贮范围内。综合对比发酵品质、微生物指标和营养品质，建议碱蓬与全株玉米混贮时，碱蓬比例应在控制在60%以下。

关键词： 幽门螺杆菌   外泌体   HSPD1   胃癌   肿瘤相关巨噬细胞  

摘要： 为了揭示幽门螺杆菌(Helicobacter pylori，H. pylori)感染胃黏膜上皮细胞来源的外泌体(exosome)蛋白质组分，及外泌体热休克蛋白家族D成员1 (heat shock protein family D member 1，HSPD1)对巨噬细胞极化的影响，首先，收集胃黏膜上皮细胞GES-1以及其感染幽门螺杆菌后细胞上清液中的外泌体，并通过蛋白质组学方法分析鉴定出两组外泌体中的差异蛋白质；其次，采用蛋白质印迹法验证正常胃黏膜上皮细胞(GES-1)和胃癌细胞(MNK-7、AGS)中差异蛋白质的表达；再次，利用蛋白质印迹法、流式细胞术观察外泌体对巨噬细胞极化的影响；最后，运用免疫组织化学法分析两组临床组织标本的HSPD1蛋白水平，以及M2型肿瘤相关巨噬细胞标记物CD163蛋白的表达水平。结果显示，两组外泌体中共获得50个差异表达的蛋白质，其中HSPD1在幽门螺杆菌感染后的GES-1细胞及其释放的外泌体中的表达水平显著高于未感染组。此外，过表达HSPD1的外泌体促进M2型巨噬细胞的表面标记物CD163、CD206、MGL1/2和Arg-1的表达；幽门螺杆菌阳性胃癌组织的HSPD1表达高于幽门螺杆菌阴性胃癌组织；在幽门螺杆菌阳性胃癌病例中，M2型巨噬细胞标记物CD163的表达显著增加，且与HSPD1蛋白的表达水平呈明显正相关(r=0.472， P=0.01)。这些研究结果表明，HSPD1蛋白在幽门螺杆菌感染胃上皮细胞来源的外泌体及幽门螺杆菌阳性胃癌组织中高表达，并可通过外泌体促进巨噬细胞M2型极化。