关键词:
罗非鱼
pH值
肠道菌群
物种多样性
功能预测
摘要:
为了解养殖水低pH值对罗非鱼肠道菌群结构的影响,试验将36尾驯化后的吉富罗非鱼随机分为两组(空白组和处理组),每组3个重复,每个重复6尾,空白组养殖水pH值≈7.0,处理组养殖水pH值≈4.0,试验期为14 d,试验结束后提取两组肠道微生物基因组DNA,扩增16S rDNA基因,利用Illumina Miseq PE300平台进行测序后,对两组的肠道菌群的Alpha多样性指数、物种组成及优势菌群和差异菌群进行分析,并进行PICRUSt2功能预测和BugBase表型预测。结果表明:处理组肠道微生物的香农指数显著高于空白组(P<0.05),辛普森指数显著低于空白组(P<0.05),群落丰富度指数两组间差异不显著(P>0.05)。空白组和处理组肠道中菌门数量分别为22个和28个,共有的菌门数为18个;空白组和处理组肠道中菌属数量分别为235个和373个,共有的菌属数为137个;空白组和处理组肠道中扩增子序列变体(amplicon sequence variants, ASVs)数量分别为458个和791个,共有的ASVs数量为162个。在门水平上,处理组和空白组的优势菌群均为放线菌门和变形菌门;在属水平上,处理组中的优势菌群为代尔夫特菌属、分枝杆菌属、红球菌属和微小金杆菌属等,空白组的优势菌群为代尔夫特菌属、红球菌属、微小金杆菌属等。在门水平上,处理组肠道中浮霉菌门相对丰度显著低于空白组(P<0.05);在属水平上,处理组肠道中分枝杆菌属、小粒凯斯特亚菌属、金色类节杆菌属、双头菌属、短小杆菌属、甲基杆菌属-甲基红色杆菌属、村氏菌属和黄色杆菌属相对丰度极显著高于空白组(P<0.01),α-变形菌属相对丰度极显著低于空白组(P<0.01),赖氏菌属和博斯氏菌属相对丰度显著高于空白组(P<0.05),代尔夫特菌属、红球菌属、微小金杆菌属、桫椤菌属相对丰度显著低于空白组(P<0.05)。在PICRUSt2功能预测中,差异ASVs主要涉及细胞代谢、环境信息处理和遗传信息处理等功能。在BugBase表型预测中,共检测到9种潜在的微生物表型,包括厌氧性、兼性厌氧性、胁迫耐受、生物膜形成、含移动元素、革兰氏阴性、需氧性、革兰氏阳性和潜在致病性;与空白组相比,处理组兼性厌氧性、胁迫耐受表型贡献度显著降低(P<0.05),需氧性表型贡献度极显著降低(P<0.01),而革兰氏阳性、潜在致病性表型贡献度显著增加(P<0.05)。说明改变养殖水pH值可以明显改变罗非鱼肠道菌群结构,低pH值可能导致罗非鱼患病风险增加。