关键词:
柳穿鱼
自交不亲和性
转录组测序
S-RNase
SLF
S-位点
摘要:
真双子叶植物的茄科(Solanaceae)、蔷薇科(Rosaceae)、车前科(Plantaginaceae)都拥有S-核酸酶类的配子体自交不亲和系统,该系统由一个单一的S-位点即S超基因控制。车前科金鱼草(Antirrhinum)的S超基因及自交不亲和分子机制的研究已经越来越清晰,而同为车前科的金鱼草的近缘物种柳穿鱼(Linaria vulgaris)的S超基因及分子机制还不清楚。因此,本研究以柳穿鱼为实验材料,通过授粉实验验证柳穿鱼的自交不亲和性,并检测可能的基因型。对柳穿鱼三个不同基因型植株的三个组织(叶片、雄蕊、雌蕊)进行转录组测序,并利用生物信息学方法对测序结果进行组装及功能注释分析。基于转录组数据,通过生物信息学及分子克隆等方法对控制柳穿鱼自交不亲和的S基因进行鉴定。此外,通过检测柳穿鱼自交不亲和S超基因中的基因转换等重组效应,为下一步验证S超基因重组效应的强弱及表观遗传机制奠定了基础。本研究主要结论如下:(1)对柳穿鱼LvXQ-1至LvXQ-20共20株材料进行株内自交授粉实验及株间随机异交授粉实验,并对F1代进行株内自交授粉实验。本研究中柳穿鱼LvXQ-1至LvXQ-20种内自交授粉总花朵数为261,坐果率为1.1%,亲和指数为0.45;F1代群体自交授粉总花朵数为245,坐果率为0,亲和指数为0。授粉实验结果表明柳穿鱼具有严谨的自交不亲和性,Lv XQ-8,Lv XQ-9,Lv XQ-12三株材料两两正反杂交结实率为100%,该三株材料具有不同的S基因型;(2)对LvXQ-8,LvXQ-9,LvXQ-12材料叶片、雄蕊和雌蕊共九个样本进行二代转录组测序,并进行无参从头组装,共获得333904个Transcripts和196562个Unigenes,Transcripts与Unigenes的N50分别为1787 bp和1165 bp,获得了高质量的转录本。同时将获得的Unigenes与常见的数据库进行比较分析,对其进行功能注释,构建了柳穿鱼转录组数据库,为深入开展S基因的克隆鉴定和功能验证提供丰富的数据资源;(3)基于转录组数据,利用同源搜索法及系统发育分析法在柳穿鱼转录组数据中共挖掘到可能的S-RNase/SRNL蛋白6个,可能的SLF/SLFL蛋白共43个。结果表明柳穿鱼可能拥有S-核酸酶类的配子体自交不亲和系统。(4)利用车前科栽培金鱼草(Antirrhinum majus JI7)的基因组数据,以其8号染色体上的S-位点为参考,在柳穿鱼中搜索金鱼草S-位点上SLF基因的直系同源基因,构建柳穿鱼的拟S-位点模式图,选择上下游两侧的SLF基因Lv SLFL-12299和Lv SLFL-2866_1,以其为目标序列进行克隆测序及组织表达分析。实验结果显示柳穿鱼SLF/SLFL基因Lv SLFL-12299和Lv SLFL-2866_1序列符合S-位点SLF的特征,均在花粉组织中特异性表达,只有一个外显子结构。但仍需要进行与S-RNase基因的连锁分析验证才可以确定其是否为S-位点SLF基因。(5)对柳穿鱼筛选到的6条候选S-RNase/SRNL与野生金鱼草中已经鉴定的S-RNase进行氨基酸序列比对,在保守区设计兼并引物,进行克隆测序。根据克隆结果设计SRNL的特异性引物,对其进行结构预测及基因组织表达分析。克隆测序结果显示,共得到4个SRNL基因Lv SRNL-19915、Lv SRNL-19678、Lv SRNL-10888、Lv SRNL-6402的特异性片段,4个SRNL基因均包含一个内含子,均在雌蕊中特异性表达,但是仍需要后续的实验进行功能验证。(6)利用GENEGONV在柳穿鱼SLF/SLFL基因的直系同源基因之间检测到了基因转变事件,探究了S超基因的重组效应,为进一步揭示S超基因重组效应的表观遗传机制奠定基础。