关键词:
日本血吸虫
多基因
全基因组
安徽省
群体遗传学
摘要:
目的:日本血吸虫病是一种由日本血吸虫引起的人畜共患寄生虫病,中国是流行国之一。健康中国制订了到2030年消除日本血吸虫病的目标,然而截至2020年,安徽省仍未达到血吸虫病传播阻断标准。探索血吸虫遗传多样性与种群结构对深入了解血吸虫病传播风险和最终消除有重要意义。本研究将基于三个基因测序和全基因组测序对安徽省日本血吸虫进行群体遗传学研究,并与大陆其他流行区进行比较,以深入了解安徽省山丘型和湖沼型两类流行区日本血吸虫的遗传多态性和种群结构,并寻找基因组中受到自然选择的区域,为指导血吸虫病防治提供依据。方法:1.在安徽石台(AHST)、安徽和县(AHHX)和安徽安庆(AHAQ)采集血吸虫样本,对COX1、ND1和SJT22.6基因测序,合并GenBank中下载的大陆其他地区血吸虫序列。连接同一样本COX1+ND1,获取安徽省山丘型(AHST)和湖沼型(AHHX,AHAQ,安徽贵池AHGC,安徽铜陵AHTL和安徽枞阳AHZY)血吸虫基因序列。通过分析序列特征、遗传多样性指标与中性检验,计算遗传分化指数和基因流程度,构建单倍型网络图和系统发育树,以了解安徽省两类流行区日本血吸虫遗传多样性和遗传结构。2.通过对安徽省山丘型(ST13,ST20)和湖沼型(HX13)日本血吸虫样本进行全基因组测序(whole-genome pooled sequencing),比对参考基因组,检测SNP变异,基于SNP变异构建系统发育树,进行主成分分析,计算核苷酸多样性、遗传分化指数和中性检验值,了解遗传多样性与遗传结构;使用核苷酸多样性和遗传分化指数进行选择性分析,寻找基因组受到自然选择的区域,并进行GO富集分析,探讨基因组相关区域的功能。结果:1.基于三个基因测序研究发现:(1)基因序列获取:AHST、AHHX和AHAQ样本测序获COX1序列16条,ND1序列25条,SJT22.6序列18条。三个基因测序序列与GenBank中的COX1,ND1和SJT22.6序列一致性分别高达96.34%,94.79%和99.33%。中国大陆其他地区序列共检索下载458条。(2)序列特征分析:各基因位点各种群碱基组成无明显差异,均表现出明显的A/T碱基组成偏好性。(3)遗传多样性指标:基于COX1+ND1序列分析结果显示,在安徽5个种群中,AHST 多态性最高(π=0.006,K=7.333),其次是 AHGC(π=0.005,K=5.778)和 AHTL(π=0.003,K=4.111),AHAQ 和 AHHX 种群的多态性最低(π=0.001,K=0.667),而对于单倍型,AHGC 多态性最高(Hd=0.889),AHTL(Hd=0.806)次之,AHAQ 和 AHST(Hd=0.667)较小,AHHX(Hd=0.333)最小。基于 COX1 和ND1的结果与COX1+ND1相似,除了 ND1的结果中AHAQ多态性最高,其次为AHST。基于SJT22.6的结果显示,AHGC多态性最高(π=0.002,K=0.800),其次是 AHST(π=0.001,K=0.356),AHTL 和 AHAQ 多态性最低(π=0.000,K=0.000),单倍型多态性的比较结果与之相似。(4)中性检验:基于ND1的中性检验结果显示,AHAQ种群的Tajima's D<0和Fuand Li's D/Fu and Li'sF<0(P<0.05),推测血吸虫种群可能经历扩张或者负向选择;ASTT种群的Tajima's D>0且Fu and Li's D/Fu and Li'sF>0(P<0.05),推测血吸虫种群进化过程可能受到平衡选择或存在瓶颈效应。(5)种群间遗传分化和基因流程度:基于COX1+ND1序列分析,安徽省内AHGC与AHTL遗传分化较小(FsT=0.080,Nm=2.895),其他各种群间均存在显著遗传分化(FST=0.593~0.992,Nm=0.002~0.173)。其他序列分析结果与之相似。(6)单倍型网络结构和系统发育树:基于COX1+ND1和COX1序列分析,AHST和AHAQ分为一支,AHHX种群分为一支,其他种群分为一支。而ND1结果显示,AHST和AHAQ分为一支,其他种群分为一支。SJT22.6结果显示我国西南山区分为一支,长江中下游地区分为一支。2.基于全基因组测序研究发现:(1)按地区和年份分组的遗传多态性和遗传分化分析:系统发育树与主成分分析结果显示,6个样本按照流行区聚在一起,山丘型ST为一类,湖沼型HX为一类。ST13和ST20间FST值为-0.01,表明两组间无遗传分化。ST13和ST20的核苷酸多样性相似(πST13=5.57×10-3,πsT20=5.53×10-3),Tajima‘sD 值也是如此,而与这两组相比时,HX13 的π(πH