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关键词： 胚胎植入前遗传学检测   地中海贫血   单基因病   单核苷酸多态性   抗缪勒管激素   窦卵泡数目   获卵数   胚胎植入前遗传学检测   地中海贫血   单核苷酸多态性  

摘要： 第一部分胚胎样本中不同地贫基因型捕获深度比值参考范围的探讨研究目的探讨活检胚胎样本中不同地贫基因型捕获深度比值的参考范围,寻找参考胚。研究方法纳入自2019年8月至2021年11月因夫妻双方地贫携带就诊于广州医科大学附属第三医院（以下简称广医三院）生殖中心行PGT的家系。依据该家系活检胚胎的地贫基因型将其分为3个组:(αα/--)组、无突变组、(--/--)组。选取胚胎植入前单基因遗传病检测panel中16号染色体SNP数据,计算目标区域（致病基因区域）与非目标区域的平均测序深度比值为捕获深度比值,比对各组胚胎地贫基因型与捕获深度比值之间的关系,建立胚胎样本中不同地贫基因型的捕获深度比值参考范围。数据应用统计学软件SPSS25.0分析,利用Kolmogorov-Smirnov对数据进行正态性检验,符合正态分布,可用均数和标准差衡量,不符合正态分布,则需用中位数及四分位数来衡量或将数据进行变量转换,若变换后的数据符合正态分布,也可用均数和标准差衡量。研究结果1.在(αα/--)组捕获深度比值的统计分析中,其显著水平Sig<0.05,数据不符合正态分布,其偏度值（1.414）为标准差（0.2452）的3倍以上,呈中度的正偏态分布,对数据取对数（ln）转换,转换后的数据显著水平Sig>0.05,符合正态分布,可用均数（-0.9280）和标准差（0.5379）衡量。估计(αα/--)组捕获深度比值对数转换后95%参考范围为（-1.9823,0.1262）,则估计原数据95%参考范围为（0.1378,1.1345）。2.在无突变组捕获深度比值的统计分析中,其Sig>0.05,符合正态分布,可用均数（0.7213）和标准差（0.2468）衡量。估计无突变组捕获深度比值95%参考范围为（0.2376,1.2049）。3.(--/--)组捕获深度比值均小于0.01。研究结论1.(αα/--)组和无突变组的捕获深度比值95%参考范围间重叠区域大,捕获深度比值无法预测基因型为(αα/--)或无突变的胚胎作为参考胚用于构建夫妻双方单倍型,用于胚胎致病性的检测。2.(--/--)组与(αα/--)组和无突变组的捕获深度比值间无重叠,捕获深度比值可以预测基因型为(--/--)的胚胎作为参考胚用于构建夫妻双方单倍型,用于胚胎致病性的检测。第二部分影响获得参考胚的临床因素研究研究目的探讨参考胚与受试者活检胚胎数之间的关系及影响受试者术中获卵数的相关因素。研究方法纳入自2019年8月至2023年2月因夫妻双方地贫携带就诊于广医三院生殖中心行PGT的家系。按照受试者可供活检胚胎中是否含参考胚(--/--)将家系分为2组:含参考胚组、不含参考胚组,探讨参考胚与受试者活检胚胎数之间的关系。数据应用统计学软件SPSS25.0进行统计分析,使用简单线性回归模型分析活检胚胎数与不含参考胚家系数间的相关性,P<0.05认为差异有统计学意义。依据术中获卵数的第25百分位数和第75百分位数将周期获卵数分成三组:≤8组,9～20组,≥21组。利用Kolmogorov-Smirnov对数据进行正态性检验,符合正态分布用均数±标准差表示,组间比较采用单因素方差分析,不符合正态分布用中位数（第25百分位数,第75百分位数）表示,组间比较采用非参数Kruskal-wallis H检验。计数资料采用频数、百分率或构成比（%）进行描述。使用多元logistic回归分析影响术中获卵数的因素,包括年龄、AMH、AFC、BMI及FSH,并评估影响因素的比值比（OR）和95%置信区间。采用ROC曲线参考胚的临床影响因素进行数据管理与分析。同时,对不同促排卵方案下的获卵情况进行方差分析,计量资料以均数±标准差表示。统计学处理采用SPSS25.0软件,P<0.05认为差异有统计学意义。研究结果1.活检胚胎数与不含参考胚家系数间呈显著负相关且具有统计学意义（r=-0.810,P<0.001）。当可供活检胚胎数≥4时,有83.1%的几率可以找到参考胚,获得参考胚的几率随可供活检胚胎数的增加而增加。2.获卵数与活检胚胎数间呈显著正相关且具有统计学意义（r=0.233,P<0.001）。3.三组患者在年龄、BMI及FSH差异均无统计学意义（P均>0.05）,在AMH、AFC间差异均有统计学意义（P均<0.05）。4.在获卵数≤8组与≥21组的比较中,AMH、AFC是显著影响因素（P均<0.05）;在获卵数9～20组与≥21组的比较中,AMH是显著影响因素（P<0.05）;在获卵数9-20组与≤8组的比较中,AFC是显著影响因素（P<0.05）。***是影响获卵数的独立因素（P≤8/≥21=0.001,P9-20/≥21=0.02）,AFC也是影响获卵数的独立因素（P≤8/≥21=0.001,P≤8/9-2

关键词： 李白盾蚧   微卫星   遗传多样性   遗传结构   中国  

摘要： 李白盾蚧Pseudaulacaspis prunicola(Maskell),属半翅目Hemiptera,盾蚧科Diaspididae,拟轮蚧属Pseudaulacaspis,在我国分布范围极广,可造成寄主植物树势衰弱,甚至整株枯死,给当地的果树、以及园林产业带来了极大的危害。本研究基于转录组测序技术成功开发29对可用于李白盾蚧的微卫星引物,并利用微卫星分子标记和线粒体COI标记对我国10个省份中的19个李白盾蚧种群进行遗传多样性和遗传结构分析,具体结论如下:1、通过二代高通量测序技术,基于李白盾蚧转录组数据库24967条unigenes,成功挖掘出18193个SSR位点,所有微卫星位点中单核苷酸重复和二核苷酸重复为主要重复类型,A/T和AG/CT为主要重复基序。利用Primer Primer 3对所有位点均设计微卫星引物,并根据一定原则随机筛选50对引物进行扩增稳定性检验,最后成功得到29对可在李白盾蚧中稳定扩增的微卫星引物。2、利用9个多态性较好的微卫星位点对我国10个省份19个地理种群221头李白盾蚧样本进行种群遗传多样性和遗传结构分析。结果表明我国李白盾蚧种群遗传多样性较低,各种群的有效等位基因数(Ne)为1.244～3.117、等位基因丰富度(Ar)为1.652～4.255、观测杂合度(Ho)为0.159～0.596、期望杂合度(He)为0.159～0.596;不同种群间基因流较小,遗传分化明显,平均遗传分化系数(Fst)为0.326,基因流(Nm)平均值为0.690。根据系统进化树、主坐标分析以及Structure分析,我国李白盾蚧种群呈现出明显的南北分布格局,19个李白盾蚧种群可以分为4个分支。根据Mantel分析,各地理种群之间遗传距离和地理距离呈正相关。且部分地理距离较远种群之间可能存在苗木调运,导致遗传结构相同,聚在一支。3、利用线粒体COI数据分析19个我国李白盾蚧种群以及1个韩国种群共331个个体的种群遗传多样性及遗传结构。各种群单倍型多样性平均值为0.3405,核苷酸多样性平均值为0.00103,单倍型多样性和核苷酸多样性都较低(Hd<0.5,Pi<0.005)。基于单倍型数据,通过BAPS空间遗传分组、系统进化树和单倍型邻接网络图3种方法分析李白盾蚧种群遗传结构。结果表明,李白盾蚧各种群之间形成了明显的地理遗传结构。线粒体COI数据与微卫星数据分析结果相同,我国李白盾蚧遗传多样性水平较低,同时支持李白盾蚧南北遗传分化格局,系统发育关系可分为4个分支,且不同分支之间具有极大的遗传分化,几乎没有基因交流。本研究对李白盾蚧在我国的遗传多样性及遗传结构进行分析,从分子遗传水平上研究不同地理种群李白盾蚧的内在联系,并推测其种群历史动态,此项研究对于了解李白盾蚧在我国的分布情况,及其之后的扩散路线以及制定合理有效的综合防治策略等提供了帮助。

关键词： KDM4B   ERα   表观遗传调控   PRC2复合物   血管钙化  

摘要： 目的:血管钙化(Vascular Calcification,VC)是多种疾病的病理学基础,其也作为心血管事件发生的独立预测因子。血管钙化过程中,血管平滑肌细胞(Vascular smooth muscle cells,VSMCs)主要从收缩表型转变成骨样表型,进而发挥重要作用。研究表明,老年人群中普遍存在血管钙化,尤其是70岁以上,男性患有血管钙化的人占90%,女性则超过67%。据报道,雌激素受体α(Estrogen receptorα,ERα)/雌二醇(17β-estradiol,E2)信号通路可以促进ERα下游靶基因生长抑制特异性蛋白(Growth arrest-specific gene 6,GAS6)的表达抑制血管钙化。那么明确血管钙化的发病机制进而降低心血管事件,是十分必要的。类固醇受体超家族成员中有ER,其包括ERα和ERβ两种亚型,它们分别由不同的基因编码,其中ERα有595个氨基酸。ERα与其配体雌激素E2结合,然后ERα入核并结合在雌激素反应原件(Estrogen response elements,ERE)区上启动下游靶基因转录,此时可招募辅调节因子共同参与转录。ERα在结合配体雌激素E2后结合在ERE上启动下游靶基因转录需要辅调节因子的参与,辅调节因子根据其对转录活性的影响分为辅抑制因子和辅激活因子。而据报道,在疾病发生发展过程中,参与基因转录调控的辅调节因子发挥着关键的作用,所以新的辅调节因子,无论是辅激活因子还是辅抑制因子的发现,都有助于血管钙化发生机制的研究。ERα介导的基因转录在血管钙化中发挥着重要作用,那么,发现和探讨新的ERα辅调节因子及阐明其对转录因子介导的基因转录的调控作用,可能成为揭示血管钙化新的治疗靶点。据报道,组蛋白甲基化去甲基化的动态逆转会影响许多生物过程,并且在肿瘤、骨质疏松、心血管等多种疾病中发挥关键作用。组蛋白去甲基化酶4B(Histone lysine demethylases4B,KDM4B)编码的蛋白含有1096个氨基酸,可以催化组蛋白残基活性。KDM4B是组蛋白去甲基化酶KDM4/JMJD2家族的成员。目前,KDM4B在ER阳性乳腺癌中参与ERα介导的基因转录调控促进乳腺癌发生。但关于KDM4B其他功能未见报道,尤其是KDM4B作为一个ERα的辅调节因子在血管钙化的功能需要进一步探究。在本研究中,我们的目的旨在:(1)明确KDM4B在β-磷酸甘油诱导的钙化模型及小鼠钙化模型中的表达;(2)阐明KDM4B与ERα之间的相互作用;(3)探究KDM4B是否参与ERα介导的基因转录;(4)探讨KDM4B调控ERα介导基因转录的分子机制;(5)探索KDM4B在血管钙化中的生物学功能。研究方法:(1)利用Western blotting和免疫组织化学发现KDM4B在钙化细胞模型及小鼠钙化组织中明显高表达,明确KDM4B与血管钙化之间的联系;(2)通过蛋白免疫共沉淀实验(co-immunoprecipitation assays,co-IP)了解KDM4B是否与ERα相互作用,利用荧光共聚焦显微镜扫描技术(Confocal),在HASMC细胞中,明确KDM4B与ERα在加入E2后入核的位置;(3)通过荧光素酶双报告基因实验(Luciferase assays)探究KDM4B如何调控ERα的基因转录活性;利用Real-time qPCR和Western blotting探究KDM4B在雌激素状态下调节ERα-E2信号通路影响基因的表达;(4)探讨KDM4B影响ERα-E2信号通路的分子机制。利用co-IP验证KDM4B,ERα与多梳抑制复合体2(Polycomb repressive complex 2,PRC2)核心复合物成员Zeste同系物2的增强剂(Enhancer of Zeste omologue 2,EZH2)和Zeste 12的抑制剂(Suppressor of zeste 12,SUZ12)之间的相互作用,利用染色质免疫共沉淀(Chromatin immunoprecipitation,ChIP)验证KDM4B的敲低或过表达KDM4B,观察ERα和EZH2,SUZ12在ERα靶基因Gas6-ERE区的招募,并影响H3K27me3的修饰水平的招募的情况;(5)利用茜素红染色、钙定量测定、Western blotting发现KDM4B对钙化的影响等生物学功能。结果:(1)通过茜素红染色、钙定量测定、WB和免疫组织化学实验发现KDM4B在钙化细胞模型及小鼠主动脉钙化组织中高表达;(2)在人主动脉血管平滑肌细胞(Human aortic smooth muscle cell,HASMCs)、小鼠主动脉血管平滑肌细胞(Mouse aortic smooth muscle ce

关键词： 遗传学  

ISBN: (纸本)9787568095815

摘要： 本书共分十四章，主要阐述遗传的细胞学基础，孟德尔遗传定律及扩展，性别决定与伴性遗传，连锁遗传分析，细菌的遗传分析，病毒的遗传分析，数量性状遗传，染色体变异，基因与基因组学，基因突变，细胞质遗传，群体遗传与进化。每章均有习题，以巩固各章的理论知识。

关键词： 失眠   人格特征   分子遗传学   BDNF基因   DRD4基因   5-HTTLPR基因  

摘要： 目的:(1)比较慢性失眠障碍患者和健康对照的人格特征,以了解患者的人格特征,为失眠制定预防策略提供依据;(2)采取候选基因策略,比较慢性失眠障碍患者与健康对照基因多态性之间的差异,以寻找慢性失眠障碍可能的风险基因;(3)寻找慢性失眠障碍患者的人格特征与脑源性神经营养因子(BDNF)基因、多巴胺D4受体(DRD4)基因、五羟色胺转运体(5-HTTLPR)基因之间的关系,以探讨可以作为慢性失眠障碍遗传内表型的人格特征。 方法:本研究为病例对照研究,选取2021年11月-2022年09月就诊于绵阳市第三人民医院慢性失眠障碍患者74名,面向社区招募并匹配健康对照者74名。采用卡特尔十六人格因素量表(16PF)、三维人格问卷(TPQ)进行人格特征的评定;基于既往研究结果及NCBI数据库(https://***/)选择BDNF基因(rs6265)、DRD4基因(rs1800955)、5-HTTLPR基因(rs2020936)共3个单核苷酸多态性(SNP)位点,采用PCR技术和SNa Pshot技术对以上SNP位点进行基因分型检测。运用SPSS25.0统计软件进行数据分析。 结果:(1)16PF结果显示慢性失眠组与健康对照组相比,稳定性C(P<0.05)、幻想性M(P<0.01)得分较低,敏感性I(P<0.05)、忧虑性O(P<0.01)、紧张性Q4(P<0.01)得分较高;(2)TPQ结果显示慢性失眠组在伤害回避(HA)维度得分较健康对照组高(P<0.01),其中的悲观—乐观主义因子(HA1)及易疲劳因子(HA4)得分均高于健康对照组(P<0.01),其余因子无显著性差异;慢性失眠组奖赏依赖(RD)维度得分及依恋因子(RD3)较健康对照组高(P<0.05);(3)慢性失眠组与健康对照组在BDNF基因(rs6265)的基因型及等位基因频率分布上存在显著性差异(P<0.05),慢性失眠组的AA基因型及A等位基因频率高于健康对照组;携带A等位基因的慢性失眠患者相较于未携带A等位基因的慢性失眠患者在16PF中的实验性Q1得分更高(P<0.01)。DRD4基因(rs1800955)、5-HTTLPR基因(rs2020936)基因型频率及等位基因频率两组分布上未发现显著差异。 结论:(1)16PF评估结果显示慢性失眠患者具有低稳定性、幻想性,高敏感性、忧虑性、紧张性的特点;(2)TPQ评估结果显示慢性失眠患者在躲避伤害性得分更高,提示患者面对负性刺激时倾向于回避;两个因子分则提示慢性失眠患者倾向于预期焦虑、悲观主义、易疲劳。另外在奖赏依赖性上慢性失眠患者的得分也更高,依恋因子分高提示人群依恋,对社会信息和他人求助敏感,力图帮助和取悦他人;(3)BDNF基因(rs6265)的多态性可能与慢性失眠障碍有关,携带有A等位基因可能为慢性失眠障碍的风险因素;(4)慢性失眠障碍患者中16PF中的实验性(Q1)可能与BDNF基因(rs6265)相关。

关键词： 遗传学综合实验   数量性状   细胞质遗传   PCR   ITS   rbcL  

摘要： 文章对“学生采集云南农业大学野生扁穗雀麦居群数量性状数据并分析，分别利用核DNA及叶绿体DNA通用引物ITS及rbcL扩增所采集个体总DNA，电泳检测”作为遗传学综合实验教学案例的实施过程、效果及可行性进行了验证和探讨。实验以昆明常见野生扁穗雀麦作为实验材料，一个实验班的学生每人采集一株植株的株高、分蘖、有效穗数、平均穗长、平均小穗数5个数量性状，全班数据共享，进行方差分析；每个同学分别提取所采植株总DNA，一半学生利用引物rbcL、另一半学生利用引物ITS进行PCR扩增，电泳检测扩增产物。结果显示，ITS扩增片段约750bp,rbcL扩增片段约500bp。此综合性实验是充分利用地方资源，并将科研成果应用于本科实验教学的一个有益探索。

关键词： 多发性骨髓瘤   影像组学   细胞遗传学   磁共振成像   Logistic模型  

摘要： 目的:本研究旨在构建基于MRI影像组学的预测模型来评估多发性骨髓瘤（Multiple myeloma,MM）患者治疗前的高危细胞遗传学（High-risk cytogeneti c,HRC）状态,以此对MM患者的细胞遗传学异常状态（HRC or non-HRC）进行风险分层,为临床治疗决策提供一定的参考。材料与方法:本研究回顾性收集兰州大学第二医院和吉林大学中日联谊医院两所中心经临床或荧光原位杂交（Fluorescence in situ hybridization,FISH）确诊并接受全脊柱磁共振成像（Magnetic resonance imaging,MRI）检查的MM患者共195例（HRC84例,non-HRC111例）。其中,将来自机构Ⅰ的159例患者（HRC71例,non-HRC88例）随机分为了训练队列（n=111）和验证队列（n=48）,来自机构Ⅱ的患者（n=36）作为外部测试队列（HRC13例,non-HRC23例）。通过全脊柱MRI图像矢状位的T1加权成像（T1 weighted imagin g,T1WI）、T2加权成像（T1 weighted imaging,T2WI）以及脂肪抑制的T2加权成像（Fat-Suppressed T2-Weighted imaging,FS-T2WI）序列评估感兴趣区域（regions of interest,ROIs）,并由三位放射科医生确定并手动勾画ROIs。使用方差阈值、Student's t检验和冗余性分析对样本预处理,使用最小绝对收缩和选择算子（Least absolute shrinkage and selection operator,LASSO）以及向前向后逐步回归等方法对特征进行降维。同时,使用单因素及多因素分析筛选与HRC状态相关的临床特征。在训练队列中,构建基于T1WI、T2WI和FS-T2WI序列及临床因素的线性逻辑回归（Logistic regression,LR）模型,并在验证队列进行内部验证。使用C-指数、bootstrapping法矫正C-指数、特异性（Specific ity,Spc）、准确性（Accuracy,Acc）、敏感性（Sensitivity,Sen）、阳性预测值（Positive predictive value,PPV）、阴性预测值（Negative predictive value,NPV）和赤池信息量准则（Akaike information criterion,AIC）评估诺莫图的性能,并通过绘制受试者工作特征曲线（Receiver Operating Characteristic Curve,ROC）选择性能最佳的影像组学预测模型。使用校准曲线和决策曲线（Decisio n curve analysis,DCA）分别对不同模型的诺莫图的性能及临床有效性进行评估和比较。最后,使用来自机构Ⅱ的外部验证数据集测试了预测模型的性能。此外,使用Kaplan-Meier生存分析评估影像组学诺莫图的预后价值,并通过Log-rank检验。结果:不同影像组学模型或综合模型预测治疗前MM患者HRC状态的效能不同。我们基于T1WI、T2WI及FS-T2WI及年龄构建了14个模型:影像组学模型(T,T,FT,T,FT,FT和FT模型);综合影像组学模型(T+age,T+age,FT+age,T+age,FT+age,FT+age和FT+ag e模型)。其中,FT+age,FT+age及FT+age综合模型分别在单序列,双序列及三序列MRI图像中区分MM患者的HRC状态方面表现突出,通过1000次bootstrap法矫正过的训练队列及验证队列C-指数分别为0.79[95%CI,0.71-0.88]和0.80[95%CI,0.67-0.93],0.83[95%CI,0.76-0.91]和0.84[95%CI,0.73-0.94]及0.88[95%CI,0.81-0.93]和0.84[95%CI,0.73-0.95]。三个模型校准曲线Hosmer-Lemeshow检验均P>0.05（训练队列P值分别为:0.9846,0.2434,0.5414;验证队列P值分别为:0.1979,0.1321,0.5766）。在外部测试队列中,FT+age,FT+age及FT+age综合模型诺莫图的C-指数分别是0.70[95%CI,0.53-0.87],0.76[95%CI,0.59-0.94]和0.77[95%CI,0.61-0.92]。DCA分析显示FT+age,FT+age及FT+age综合模型均可获得良好的临床净收益值。此外,Kaplan-Meier生存分析显示,FT,FT及FT影像组学模型和MM细胞遗传学状态的预后价值相似（Log-rank检验,P<0.0

关键词： Decidualization   DNA methylation   Dysmenorrhea   Endometriosis   Epigenetics   Pelvic pain  

摘要： Uterine disorders are common and can be debilitating, but they are poorly understood. Endometriosis is the most common cause of secondary dysmenorrhea, yet existing treatments have substantial side effects and are not able to fully resolve pain for most patients. Many studies have shown that endometrial tissue from individuals with endometriosis has differential gene expression and DNA methylation patterns compared to endometrial tissue from controls. Data sharing efforts have made large amounts of genetic and epigenetic data available to researchers. However, it is technically challenging to compare datasets from different platforms and study designs, and these resources are underutilized. In this dissertation, I explore methods of combining DNA methylation and gene expression data to gain additional insights into endometrial disorders. First, I demonstrate that DNA methylation age can be used to understand ectopic endometriosis lesions. Then, I correlate DNA methylation age changes caused by hormonal treatment with differential gene expression in endometriosis. Given a candidate pathway, I then use datasets of infertility to determine whether these expression changes could provide insight into clinical phenotypes. Finally, I explore whether clinical phenotypes of menstrual pain resistant to non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs) can predict altered signaling of related pathways in menstrual-derived tissues. This work explores methods of utilizing the vast amounts of genetic and epigenetic data that have already been generated, while taking into consideration both the unique dynamic properties of uterine tissue and the aspects of uterine dysfunction that are most disruptive to quality of life.