关键词:
癫痫
全外显子测序
DEAF1
基因型-表型分析
摘要:
背景癫痫是一种以反复自发为特征的慢性疾病,通常始于儿童期,在儿童中患病率约为7.1‰。70%-80%的癫痫与遗传突变有关。目前,癫痫疾病根据症状大致分为两类:一类在临床上仅表现为癫痫发作,称为特发性癫痫;二是其他神经系统疾病的伴发症状,称为综合征性癫痫。导致癫痫的遗传学因素包括染色体非整倍体变异、拷贝数变异(copy number variations,CNVs)、特定基因的单核苷酸变异(single-nucleotide variants,SNVs)、小的插入或缺失(In Dels)以及串联重复序列异常扩增等。染色体异常及染色体微缺失微重复导致的癫痫通常伴随特殊面容、智力发育障碍、多发畸形等严重表型。已报道与癫痫相关的基因已超过900个,其中以癫痫发作为主要表现的致病基因也超过80个。癫痫属于表型和遗传异质性都非常强的一大类疾病,仅针对单个基因或突变热点进行检测容易漏诊,随着全外显子测序(Whole Exon Sequencing,WES)技术的临床应用,检出率由5-12%上升到22-59%。然而到目前为止,对于癫痫患者的遗传学检测策略仍没有统一标准。国内也鲜有针对癫痫患者的大样本遗传学病因研究和对患者基因型-表型的深入探讨。此外,对于WES方法检测出的意义不明变异位点,也有待通过各种功能研究来提供更多致病性证据。目的对208个癫痫家系进行遗传学病因研究,查阅数据库及文献资料分析患者基因型-表型关系,旨在发现新的基因-疾病之间的关联。对检出的一部分意义不明变异进行细胞水平功能研究,明确变异的致病性。方法收集208个癫痫和癫痫患儿妊娠史家系,完善临床资料并采集患者及家系成员外周血进行先证者或核心成员遗传学检测;根据突变频率、突变蛋白有害性预测等筛选可疑变异;通过Sanger测序进行家系共分离和突变来源验证;结合基因型-表型分析,对潜在变异进行致病性判读;对没有明确剪接模式的剪切位点突变,抽提患者外周血白细胞或转染了minigene的HEK293T/He La细胞RNA行逆转录PCR实验(Reverse Transcription PCR,RT-PCR);同时对意义不明的错义突变,通过构建野生型及突变型质粒,转染HEK293T/He La细胞,采用实时荧光定量PCR技术(Real-time quantitative PCR,q PCR)分析转录水平的改变,通过蛋白质免疫印迹研究突变对蛋白表达的影响,通过双萤光素酶分析突变对转录调控的影响,通过EMSA实验进一步探究造成转录调控受损的原因。结果(1)本研究中有84个家系完成了CNVs检测,22个家系找到了致病性拷贝数变异,诊断率为26.2%。87个家系进行了WES检测,其中36个为拷贝数变异检测阴性家系的先证者WES(singleton-WES)检测,14个家系获得了诊断性结果,诊断率为38.9%;51个为未行拷贝数变异检测的家系WES(trio-WES)检测,30个家系获得了诊断性结果,诊断率为58.9%。还有48个临床明确诊断的家系,直接进行了单个基因靶向Sanger测序,31个家系获得了诊断性结果,诊断率为64.6%。本研究共为97个家系明确了病因,总体诊断率为46.6%。研究共发现19个数据库及文献中未收录的新突变。Trio-WES在检测癫痫的遗传学病因方面表现出更多优势。(2)基因型-表型关联分析,发现SBDS致病突变可能导致患者出现癫痫表型。发现Dravet综合征患者中MED13L基因c.1937_1944dup变异,这是MED13L致病突变与Dravet综合征相关的首个报道。(3)8个没有明确剪接模式的剪切位点突变的RT-PCR结果显示:MFSD8的c.998+3_998+6del导致10号外显子完全缺失;RDH12的c.343+1G>A突变导致5号外显子3’端15bp碱基滞留,引起蛋白编码氨基酸第115-119位有5个氨基酸的插入;ATP7A基因c.1870-13T>G导致8号外显子完全缺失;CHD7基因c.8077-1G>A导致38号外显子5’端1bp碱基缺失,致使第2697位氨基酸突变为终止密码子,且相对原来长度缩短301个氨基酸;FGF12的c.199+6T>C则可能不会影响剪切;COQ4的三个剪接位点变异:c.402+1G>C、c.402+1G>T、c.402+1G>A均导致4号内含子滞留,并在氨基酸第164位产生一个过早终止密码子(PTC),提前102个氨基酸终止翻译。(4)对上述trio-WES检测筛选出的3个意义不明的错义突变进行研究,结果显示COQ4基因c.550T>C突变型蛋白水平的表达较野生型蛋白表达量降低;FGF12基因c.563G>A突变型蛋白水平与野生型相比无显著性差异;DEAF1基因c.825C>G突变型蛋白无法与目标DNA结合,进而影响