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摘要： 造成我国临床遗传服务滞后的原因, 一是医学教育中医学遗传学的缺位, 相关知识的科学普及不够, 使得卫生工作者对遗传病缺乏了解, 更不用说普通民众, 影响了现有的服务的可获得性;二是管理部门的认识不到位, 尚未充分认识到临床遗传服务的重要性, 缺乏投入, 使得我国临床遗传服务体系建设严重滞后, 一些根本性或体制性问题尚未解决。临床遗传学有其自身的基础理论和专业知识、独特的实验室技术和医疗服务内容,

关键词： 胰腺神经内分泌肿瘤   遗传学   表观遗传学  

摘要： 目的:观察胰腺神经内分泌肿瘤遗传学和表观遗传学.方法:分析本院2018年3月至2019年3月接收胰腺神经内分泌肿瘤患者26例,对患者遗传以及表观遗传学进行综合性分析研究.结果:具体分析胰腺神经内分泌肿瘤遗传学及表观遗传学,发现该类肿瘤疾病基因中,ATRX-DAXX基因等对患者治疗以及预后具有较大影响,可依据基因变化相应调整临床治疗方案,从而有效提高患者治疗效果.结论:开展胰腺神经内分泌肿瘤患者遗传学以及表观遗传学研究,对提高该类疾病治疗效果,确保患者预后效果具有重要意义.

关键词： 物种鉴定   COI   ITS2   EF-1α   系统发育   种群遗传学  

摘要： 东北地区红松林及樟子松林受害虫危害较为严重,且为多种钻蛀性害虫联合发生,对林木的健康生长以及林区的经济、生态效益造成严重影响。为了在害虫发生初期能够准确判断其种类,本研究利用现有的幼虫形态鉴别特征,对来自东北地区1 1个采集点的1117个样本进行鉴定,并通过比对COI基因序列加以验证。在确定具体种类的基础上,基于COI、ITS2和EF-1α基因序列对不同种类进行分子系统发育分析,判断各分类单元的亲缘关系与传统物种划分是否存在差异,并为其提供科学依据。对分布较为广泛主要害虫进行种群遗传学相关分析,基于遗传多样性和遗传结构判断种群历史动态以及种群间分化水平,为害虫的综合防控提供理论依据。主要研究结果如下:(1)害虫种类鉴定:通过幼虫外部形态特征及COI基因序列比对,共鉴定出6种害虫,分别为冷杉梢斑螟(Dioyctria abietella)、赤松梢斑螟***)、小花尺蛾(Eupithecia abietaria debrunneata)、油松球果小卷蛾(Gravitarmata margarotana),以及两个发生数量较少的未知种:小卷蛾属未知种(Cydia sp.)和螟蛾总科(Pyralidoidea)未知种。统计发现,危害球果的主要害虫为冷杉梢斑螟,危害枝干的主要害虫为赤松梢斑螟。可参考本研究中提供的毛位图作为鉴定工具,以便在害虫防治工作中快速鉴别。(2)序列组成与系统发育分析:对4个已确定物种的COI、ITS2和EF-1α基因进行测序,发现不同物种的COI和EF-1α基因序列长度一致,ITS2基因序列长度变化较大。仅COI基因序列具有明显的A/T偏倚性。COI和EF-1α基因碱基替换主要发生在密码子第三位点;ITS2基因序列碱基替换普遍较少,物种内序列相似度较高,物种间的差异主要来自于长期积累的插入和缺失突变。不同分类阶元下的遗传距离范围有明显差异,亲缘关系越近遗传距离越小。基于三种基因构建的系统发育树所显示的拓扑结构一致,每个物种均能构成单系群,分支情况与传统物种划分不存在偏差。(3)冷杉梢斑螟种群遗传结构:单倍型错配分布和基于COI、EF-1α基因序列的中性检验,均表明总群体近期可能发生过种群扩张,而ITS2基因的变异符合中性进化模型,未能表现出种群扩张。对各个地理种群进行分析,除四棚(SP)种群发生过扩张外其他各种群内部已出现瓶颈效应。齐齐哈尔(QQHE)种群与多个其他种群的遗传分化,基于三种基因序列均表现为较高水平,认为寄主植物及地理隔离是导致其分化水平较高的重要因素。四棚(SP)地理种群仅基于COI基因序列与其他种群表现为遗传分化,认为这是由于线粒体基因相对于核基因进化速率较快所造成的。遗传距离和地理距离回归分析表明,距离隔离对冷杉梢斑螟10个地理种群的遗传分化无明显影响。

关键词： 孕妇   游离胎儿   NDA   表观遗传学方法  

摘要： 目的:评价孕妇血浆中游离胎儿DNA水平检测中表观遗传学方法的运用价值.方法:采用回顾性方法分析,选取60例孕妇作为研究对象,根据孕期分为早期、中期及晚期,每组20例.同时选取20例非妊娠妇女为对照组,检测母体血浆中的游离DNA,比较各组Ct值.结果:对照组血浆中未检测到u-maspin,特异性为100.0％.其他三组孕妇血浆中均有u-maspin基因,敏感性高达95.0％.不同妊娠期孕妇的m-maspin基因表达水平无显著差异(P>0.05).晚期妊娠组孕妇的△Ct、△△Ct均低于早期妊娠组、中期妊娠组,有显著差异(P<0.05).晚期妊娠组孕妇的2-△△Ct与对照组相比,有显著差异(P<0.05).结论:u-maspin基因可作为孕妇血浆中游离胎儿NDA水平变化的表观遗传学标志,可扩大非创伤性的产前诊断范围.

关键词： 男性不育患者   染色体异常   细胞遗传学  

摘要： 目的:探究男性不育患者性染色体异常细胞遗传学表现.方法:选70例男性不育患者,对患者外周血淋巴细胞进行染色体,使用G显带核型观察.结果:经检查得出有29例患者性染色体表现为数目异常,占70例性染色体异常患者中的41.43％;14例表现为性染色体结构异常,1例表现为数目和结构异常,27例表现为Y染色体大小异常.结论:性染色体表现异常是导致男性患有不育病症的重要原因,分析性染色体异常有注助于不育男性患者临床诊疗.

关键词： BAP18   ERα   组蛋白阅读子   COMPASS复合物   ERα阳性乳腺癌  

摘要： 目的:BAP18(BPTF associated protein 18 KDa)是MLL1/MOF复合物成员之一,也被发现存在与NURF复合物中,是一种重要的染色质阅读子(Histone readers,HRs),可以与染色质上H3K4me3位置相互作用从而发挥其功能。目前,BAP18被报道是一种重要的雄激素受体(AR)的辅调节因子,可以上调AR介导的基因转录并在前列腺癌及去势前列腺癌中发挥重要作用,但关于BAP18的其他功能未见报道,尤其是BAP18作为一个染色质阅读子的功能需要进一步探究。雌激素受体a(Estrogen receptor alpha,ERα)作为类固醇受体超家族成员之一,具有595个氨基酸。ERα激活转录过程包括经典途径与非经典途径,其中经典途径又包括ERα直接与DNA雌激素反应元件(Estrogen response elements,EREs)结合和与其他转录因子如Sp1,AP1,NF-kB等相互作用共同结合。ERα在结合配体雌激素E2后结合在ERE上启动下游靶基因转录需要辅调节因子的参与,辅调节因子根据其对转录活性的影响分为辅抑制因子和辅激活因子。越来越多的研究表明辅调节因子在疾病发生发展过程中发挥重要作用,发现新的辅调节因子对于研究ERα阳性乳腺癌疾病的探索十分关键。女性乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一,临床诊断数据显示超过四分之三的女性乳腺癌表现出雌激素受体阳性,其中超过80%的阳性患者表现ERα高表达。由于雌激素受体发挥作用主要通过雌激素介导的基因激活来促进乳腺癌的发生发展与转移,所以针对ERα阳性患者临床常采取抗雌激素治疗。然而临床治疗中约20%的ERα阳性病人表现出先天性的抗雌激素治疗抵抗或治疗不敏感,一半以上的病人在经历长期抗雌激素治疗后转为治疗抵抗并发生恶性转化。众多研究显示,ERα介导的基因转录在抗雌激素治疗抵抗中发挥着重要作用,而异常表达的辅调节因子是转录因子介导基因转录异常的重要原因之一,提示我们发现新的ERα辅调节因子及阐明其对转录因子介导的基因转录的调控作用可能成为揭示ERα阳性乳腺癌内分泌治疗耐药或成为新的治疗靶点。在本研究中,我们的目的旨在:(1)明确BAP18在乳腺癌中的作用;(2)阐明BAP18作为HR在乳腺癌细胞中全基因组的分布,结合位点的特点和对内源基因的调控作用;(3)探究BAP18是否是ERα新的辅调节因子并调控ERα介导的基因转录;(4)探讨BAP18调控ERα介导基因转录的分子机制;(5)探索BAP18在乳腺癌发生发展及抗内分泌治疗中发挥的生物学功能。研究方法:(1)通过肿瘤病人免疫组织化学染色分析BAP18蛋白表达量与患者预后生存期之间的关系,并采用Western blotting和IHC的方法检测临床乳腺癌病人中BAP18的蛋白表达量,明确BAP18与乳腺癌疾病分型和疾病严重程度之间的联系;(2)通过高通量全基因组蛋白染色质免疫共沉淀测序(Global ChIP sequence,ChIP-seq),探究BAP18分布的特点及与ERα招募和H3K4me3修饰水平的联系,然后从ChIP-seq的数据发掘并利用Real-time q-PCR和Western blotting探究BAP18在雌激素状态下影响ERα-E2信号通路影响基因的表达;(3)利用蛋白免疫共沉淀实验(co-immunoprecipitation assays,co-IP)明确BAP18是否与ERα相互作用,利用免疫荧光实验验证BAP18与ERα在乳腺癌细胞中的定位,然后利用双荧光素酶报告基因实验(Luciferase assays)探究BAP18对ERα介导的基因转录活性的影响;(4)试图深入探讨BAP18影响ERα-E2信号通路的分子机制。利用蛋白免疫共沉淀实验验证BAP18,ERα与COMPASS复合物(COMPASS-like complex)核心复合物成员之间的相互作用,然后利用染色质免疫共沉淀(ChIP)验证BAP18的敲低对ERα和COMPASS-like复合物核心成员在ERα靶基因转录活性区域的招募的变化,最后利用双荧光素酶报告基因实验探究BAP18与COMPASS-like复合物分别对ERα介导基因转录活性的影响;(5)采用生物学功能实验,验证BAP18对乳腺癌细胞系的增殖及其对裸鼠皮下成瘤生长的作用;通过喂药的方式验证体内环境下BAP18对内分泌治疗耐药的影响,最后利用小鼠皮下成瘤组织的免疫组化,Real-time q-PCR和Western blotting实验探究BAP18乳腺癌增殖和耐药的关系。结果:(1)利用免疫组织化学方法,通过组织芯片染色BAP18,然后通过已知的ERα,PR,HER2蛋白表达高低和组织学分级资料联合BAP18表达分析,BAP18高表达的病人相

摘要： Vertebrate retinogenesis is a complex developmental process that requires the dynamic orchestration of multiple tissues and cell types, morphological changes, and intrinsic and extrinsic cellular signaling. Intertwined with these processes are coordinated genetic and epigenetic mechanisms that function to regulate cellular state, proliferation, differentiation, and maintenance of retinal progenitor cells and neurons. Disruption of the DNA methylome or micro-RNA pathways, the regulatory pathways examined in this study, results in aberrant cellular proliferation, differentiation, and retinal homeostasis. Additionally, defects in these pathways are known to result in tumorigenesis, embryonic lethality, and neurodegenerative disease. Data presented in this thesis address the role of maintenance and de novo DNA methylation in the retina. Utilizing the zebrafish as a model for vertebrate retinal stem cell (RSC) maintenance and development, I demonstrated a requirement for dnmt1, the maintenance DNA methyltransferase, in RSC maintenance through the regulation of cell cycle genes, cell survival, and dysregulation of retroviral elements (RE). Additionally, I generated combinatorial mutants for the six de novo DNA methylation genes using TALEN and CRISPR/Cas9 mutagenesis to assess the function of these enzymes during retinogenesis. The tested combinations of mutant alleles lack overt phenotypes, however further analyses will be critical for determining their gene-specific and likely overlapping roles within the retina. Finally, I aimed to characterize the role of the dual-specificity phosphatase enzyme, Dusp11, within the retina. Utilizing a Dusp11, splice-mutant mouse line, I lay the groundwork for characterizing this enzyme in vivo and assessing its roles in retinal maintenance and potential contribution to retinal degeneration diseases. Through the use of Spectral Domain Optical Coherence Tomography (SD-OCT), I performed longitudinal experiments to assess retinal laminatio

摘要： The Mygalomorphae are a taxonomically challenging group due to their morphologically conserved nature. Similarly, the phylogenetic relationships of Mygalomorphae within New Zealand are poorly resolved. The Porrhothele (Mygalomorphae: Porrhothelidae) have poorly defined species that may not accurately represent the true diversity of the genus. This thesis utilizes genetics and morphometrics to 1) provide a hypothesis for how New Zealand's Mygalomorphae relate to one another 2) clarify whether Porrhothele antipodiana is composed of multiple species 3) determine if traditionally used morphological traits can effectively separate Porrhothele mtDNA clades from one or another or even from Hexathele, a morphologically and ecologically similar group. Mygalomorphae were collected throughout New Zealand and had the CO1 mtDNA gene sequenced. Combined with online data, a phylogenetic tree representing all five of New Zealand's Mygalomorphae genera was generated. The multiple genera tree hypothesizes that Migas is the closest relative to Porrhothele within New Zealand. CO1 mtDNA data from Porrhothele was used to generate phylogenetic trees for the genus. Morphological traits were measured and used in a principal components analysis to determine whether they could separate genera and mtDNA clades. An unsupervised cluster analysis was also used to determine whether mtDNA clades and genera could be separated. The Porrhothele phylogenetic trees provide some evidence that P. antipodiana may represent more than one species, but it still appears that P. antipodiana is a widespread species. Additionally, the Porrhothele phylogenetic trees provide some evidence for the presence of three undescribed species. The CO1 mtDNA clades within Porrhothele could not be separated from one another using the selected morphological traits in the PCA but were able to separate Porrhothele from Hexathele. However, the cluster analysis was unable to separate mtDNA clades and genera. Metatarsus length was

关键词： 川贝母   近缘种   红外光谱   含量测定   群体遗传学  

摘要： 目的:采用红外光谱法、HPLC和AFLP分子标记对川贝母及其近缘种进行物种鉴定、品质评价和群体遗传学研究。通过研究比较它们之间的形态与含量差异,探讨其复杂的遗传关系和进化历史,为川贝母野生资源的保护与临床研究提供参考。此外,本论文基于叶绿体全基因组序列探讨了鞭打绣球在玄参科中的系统位置及其与其它类群间的关系。方法:（1）对28批川贝母及其近缘种的鳞茎样品进行红外光谱信息采集,对光谱数据进行自动基线校正、自动平滑、纵坐标归一化、二阶求导等处理,构建红外指纹图谱并结合主成分分析（PCA）与聚类分析（HCA）对光谱数据进一步分析。（2）采用HPLC法,建立26批不同基原、不同产地川贝母药材（野生采集为主）的指纹图谱,并测定川贝母药材中胞嘧啶、尿嘧啶、胞苷、次黄嘌呤、鸟苷、胸腺嘧啶、腺嘌呤、肌苷、尿苷、胸苷、腺苷、2'-脱氧腺苷12种核苷与碱基类成分的含量,并使用PCA与HCA法进行评价。（3）采用AFLP标记对八个川贝母及其近缘种的30个居群（561个个体）进行遗传多样性、种群结构和进化历史研究。此外,本论文还补充报道了鞭打绣球的叶绿体全基因组结构及特征,并基于叶绿体全基因组序列探讨了该种在玄参科中的系统位置及其与其它类群间的关系。结果:（1）基于红外光谱分析快速鉴别不同产地的川贝母及其近缘种结果显示,5种川贝母及其近缘种红外光谱的主要吸收区域为700～400 cm-1、950～700 cm-1、1200～1000 cm-1、1500～1200 cm-1、1800～1500 cm-1和2800～3500 cm-1附近。二阶导数图谱在波数3000～2000 cm-1和指纹区1800～500 cm-1存在一定差异,其峰位、峰形、强度差异明显。HCA与PCA分析结果表明,所有样品被聚为2大类。其中,甘肃贝母、粗茎贝母和华西贝母能显著区分,而川贝母、暗紫贝母则不能分开,表明了药材川贝母的基原植物在亲缘关系上较近。（2）川贝母药材HPLC指纹图谱及12种核苷类成分定量分析结果显示,川贝母药材HPLC指纹图谱共确定了15个共有峰,使用对照品指认了9个共有峰和4个非共有峰。26批样品的相似度为0.656～0.954,不同产地同一基原药材的相似度较高,仅有暗紫贝母（S6、S7、S8）、川贝母（S10）和瓦布贝母（S25、S26）的相似度相对较低;含量测定的结果显示,不同产地川贝母药材的12种核苷及碱基类成分含量存在一定差异,主要成分为鸟苷、尿苷和腺苷,且梭砂贝母（S21）、太白贝母（S22、S23、S24）、瓦布贝母（S25、S26）中3种核苷含量较高;HCA与PCA分析结果基本一致,26批川贝母药材大致聚为4类,含量较高的梭砂贝母、太白贝母、瓦布贝母聚成了一个分支。（3）基于AFLP标记的川贝母及其近缘种的群体遗传学研究结果表明,在物种水平上,川贝母的遗传多样性最高(HSP=0.2960),而大金贝母的遗传多样性最低(HSP=0.1785)。此外,在居群水平上,暗紫贝母的平均遗传多样性最高(HPOP=0.2609),而大金贝母的平均遗传多样性最低(HPOP=0.1785)。在川贝母中,居群HLS、DDS和DQ的遗传多样性较高,而YD和QJ具有较低的变异。此外,居群间的遗传分化相对较低(GST=0.0622～0.1561)。这与AMOVA分析结果一致,仅有19.15%的遗传变异存在于居群间。最后,在UPGMA树中,30个居群大致被分为6组,其中川贝母相对复杂,为一个明显的多系类群。STRUCTURE和PCo A分析也表明物种与进化谱系之间的复杂关系。本研究表明,分布较广的物种通常比分布狭窄的物种遗传多样性高。在川贝母中,因为横断山脉中部的居群遗传多样性比分布在边缘的遗传多样性要丰富得多。所以,横断山脉中部的居群可能具有更高的保护价值。（4）基于叶绿体全基因组的鞭打绣球的系统发育研究结果表明,本研究中测序的两个鞭打绣球个体的基因组序列高度相似,仅序列总长略有不同（分别为152,707 bp和152,700 bp）。鞭打绣球的叶绿体全基因组为一个典型的四分体结构,共注释了113个基因（79个蛋白质编码基因、29个转运RNA基因、4个核糖体RNA基因和1个假基因）。在已注释的基因中,有16个基因包含一个内含子,而另外两个基因（ycf3和clp P）则包含两个内含子。该叶绿体基因组的总GC含量为38.1%。此外,共检测到63个简单序列重复序列（simple sequence repeats,SSRs）,具有5种类型。系统发育分析（NJ树）表明,鞭打绣球属与婆婆纳属（Veronica L.）和腹水草属（Veronicastrum *** Farbic.）关系较近。结论:（1）相比传统的性状鉴定,红外光谱鉴定法更具优势。该方法可区分部分基原植物药材,

关键词： 母代   子代   表观遗传学   DNA甲基化   高脂饮食   糖脂代谢  

摘要： 糖尿病是一种复杂的多基因遗传性疾病。母体内环境变化与子代代谢性疾病(如糖尿病)易感性密切相关,而表观遗传学修饰被认为是联系二者重要的分子基础,但具体机制目前并不十分清楚。目的:(1)探讨母代大鼠孕期及哺乳期高脂饮食导致子代大鼠离乳时(3周龄)糖脂代谢变化;(2)探讨母代大鼠孕期及哺乳期高脂饮食导致子代大鼠离乳时(3周龄)肝脏组织基因表达的改变;(3)探讨母代大鼠孕期及哺乳期高脂饮食导致子代大鼠离乳时(3周龄)肝脏组织基因组甲基化的改变;(4)探讨DNA甲基化在母代大鼠孕期及哺乳期高脂饮食导致子代大鼠离乳时(3周龄)糖脂代谢紊乱中发挥的作用。方法:(1)给予雌性SD大鼠随机分组,分别给予正常饮食及高脂饮食喂养,建立孕期及哺乳期高脂饮食模型,分别测量子代SD大鼠多个周龄(出生时、1周龄、2周龄、3周龄)体重。(2)于子代大鼠3周龄时(离乳)用灌胃法行口服糖耐量试验,处死子鼠,留取腹腔静脉血,检测空腹血清胰岛素含量并计算糖耐量曲线下面积及胰岛素抵抗指数,检测甘油三酯浓度、总胆固醇浓度,分别测量各组子鼠肝脏重量,收集各组子鼠肝脏及胰腺组织,HE染色,光镜下观察肝脏及胰腺组织病理学改变,收集各组胰岛组织用western blot法及免疫组织化学法检测各组胰岛组织胰岛素表达。(3)采用全基因组表达谱芯片和甲基化测序芯片寻找各组肝脏组织差异表达的基因和差异性甲基化基因,并通过生物信息学技术展开进一步的相关分析,随后开展分子生物学相关的实验进行验证及深入分析。结果:母代高脂饮食的子代SD大鼠组(High-fat diet group,HFD组)与母代正常饮食的子代SD大鼠组(Normal chow diet group,NCD组)相比,出生时及离乳时体重均较大,在离乳期出现明显的糖脂代谢异常:(1)与NCD组相比较,HFD组出生时体重较大,离乳时(3周龄)体重较大;(2)与NCD组相比较,HFD组空腹血糖增高,服糖后120分钟血糖增高,糖耐量曲线下面积增大,空腹胰岛素含量无明显差别,HOMA-IR指数增高;(3)与NCD组相比较,HFD组空腹甘油三酯含量明显增高,空腹总胆固醇含量增高。对肝脏和胰腺进行大体病理组织学观察,发现(1)与NCD组相比较,HFD组肝脏重量增大,肝脏HE染色可见肝细胞明显气球样变,可见大量大小不一的脂肪空泡形成;(2)与NCD组相比较,HFD组胰腺组织HE染色未见明显差异,胰岛素免疫组化染色未见明显差异。采用Me DIP-seq及RNA-seq对肝脏的基因组甲基化情况和转录组表达情况进行研究。Me DIP-seq发现:(1)有46628个差异甲基化位点(Differentially methylated sites,DMSs),分别在大鼠所有染色体上,大部分DMSs分布在X染色体中(8661,18.57%);DMSs主要分布在基因间区和内含子区,在转录启动位点、转录终止位点、外显子和内含子元件中的比例分别为9.4%、3.33%、8.24%和33.68%;(2)通过对DMSs数据的分析,与NCD组相比较,HFD组有501个低甲基化区域和46个高甲基化区域被鉴别,大部分差异性甲基化区域(Differentially methylated regions,DMRs)位于启动子171个(3个高甲基化区和168个低甲基化区)、内含子152个(11个高甲基化区和141个低甲基化区)和基因间区143个(30个高甲基化区和113个低甲基化区);(3)与HCD组比较,HFD组有262个差异甲基化基因(Differentially methylated genomes,DMGs),其中248个低甲基化基因和14个高甲基化甲基化基因;(4)对DMGs进行GO富集分析,在细胞成分部分中前三位的为蛋白乙酰转移酶复合物、组蛋白乙酰转移酶复合物和异染色质;在分子功能部分中前三位的为巯基泛素特异性蛋白酶活性、n-乙酰转移酶活性和巯基泛素性水解酶活性;在生物过程部分中前三位的为组蛋白H4乙酰化、组蛋白脱乙酰化和蛋白脱乙酰化;(5)对DMGs进行KEGG代谢通路分析,发现DMGs与steroid biosynthesis、nicotine addiction、citrate cycle(TCA cycle)、nucleotide excision repair和retrograde endocannabinoid signaling等通路密切相关;RNA-seq分析结果发现:与NCD组相比,HFD组中有876个差异表达基因(Differentially expression genomes,DEGs)385个基因表达上调,491个基因表达下调;对DMGs和DEGs进行整合分析,发现:9个基因同时发生基因表达和DNA甲基化的变化,分别占DMGs的3.44%