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关键词： 胰腺癌   长链非编码RNA   Lnc-EPIC1   YAP1   细胞生长   细胞凋亡  

摘要： 背景胰腺癌（pancreatic cancer,PC）是一种恶性程度极高的疾病,其分子机制尚不明确。已有多项研究探讨了表观遗传学诱导的长链非编码RNA1（lnc-EPIC1）在肿瘤中的作用,但尚未有研究证明lnc-EPIC1水平与胰腺癌的关系,阐明lnc-EPIC1潜在分子机制可能有助于胰腺癌的诊断和治疗。目的探讨lnc-EPIC1在胰腺癌细胞系和胰腺癌组织的表达量,lnc-EPIC1与临床样本中胰腺癌肿瘤大小、TNM分期、淋巴结转移的相关性,lnc-EPIC1对胰腺癌细胞系增殖、克隆、凋亡的作用以及lnc-EPIC1在胰腺癌中的分子机制。方法通过实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）检测30例胰腺癌患者组织及人胰腺癌细胞系（SW1990、HPAFⅡ）中的lnc-EPIC1的表达水平,分析lnc-EPIC1与肿瘤大小、TNM分期、淋巴结转移的相关性。通过蛋白质印迹法检测30例胰腺癌组织及人胰腺癌细胞系中的YAP1的表达水平,并通过TCGA数据库分析YAP1对胰腺癌肿瘤分期、预后的影响。siRNA转染到胰腺癌细胞系后,qRT-PCR技术检测转染效率并使用荧光显微镜拍照。使用CCK-8方法检测胰腺癌细胞系增殖能力;平板克隆实验检测胰腺癌细胞系克隆能力;流式细胞仪检测胰腺癌细胞系凋亡率和细胞周期分布。使用catRAPID graphic软件分析UKB数据库数据,预测lnc-EPIC1与YAP1的相互作用倾向及结合位点。最后,通过RNA结合蛋白免疫沉淀技术（RNA Immunoprecipitation,RIP）验证 lnc-EPIC1 与 YAP1的结合。结果qRT-PCR实验检测结果显示,与正常胰腺细胞系（HPDE细胞系）相比,Lnc-EPIC1在胰腺癌细胞系（SW1990细胞系、HPAFⅡ细胞系）中的表达显著增高（P＜0.001）。临床病理资料分析结果显示,lnc-EPIC1的表达水平在胰腺癌组织中上调,并与肿瘤组织大小、TNM分期和淋巴结转移呈正相关（P＜0.01、P＜0.01、P＜0.01）。蛋白印迹结果表明,和正常胰腺细胞系（HPDE细胞系）相比,YAP1表达量在胰腺癌细胞系（SW1990细胞系、HPAFⅡ细胞系）中显著增高。同时,YAP1在胰腺癌组织中表达量也显著高于胰腺癌旁组织。GEPIA的TCGA-PAAD数据分析显示,较正常胰腺组织相比,胰腺癌组织中YAP1表达更高（P＜0.05）,高表达YAP1的胰腺癌患者总体存活率较差（P＜0.01）,肿瘤分期较高（P＜0.001）。Lnc-EPIC1和YAP1在胰腺癌细胞和组织中表达增高,可能与胰腺癌进展相关。通过靶向siRNA（EPIC1 siRNA1、EPIC1 siRNA2）可以显著抑制lnc-EPIC1表达量（p＜0.001、p＜0.001）。低表达lnc-EPIC1后,胰腺癌细胞系（SW1990细胞系、HPAFⅡ细胞系）细胞增殖能力显著降低（p＜0.001、p＜0.001）,细胞克隆功能显著降低（p＜0.001、p＜0.001）,细胞凋亡率显著增高（p＜0.001、p＜0.001）。在SW1990细胞系中,qRT-PCR结果显示低表达Lnc-EPIC1后,G0/1细胞的百分比显著增加（p＜0.001）,G1/S细胞周期停滞,细胞周期蛋白Cyclin A1,CDC20和CDK4mRNA的表达量显著降低（P＜0.001、P＜0.001、P＜0.001）。生物信息学方法分析YAP1和lnc-EPIC1的相关性,cat RAPID软件能够以较高的置信度来识别YAP1和lnc-EPIC1的交互区域（交互得分=135,判别力=100%）,同时YAP1和lnc-EPIC1的可能结合位点位于600BP和1300BP处。RIP结果显示lnc-EPIC1和YAP1之间存在直接相互作用（p＜0.01）。结论1、Lnc-EPIC1在胰腺癌细胞和胰腺癌组织中高表达;2、Lnc-EPIC1的表达量与胰腺癌肿瘤大小,TNM分期和淋巴结转移正相关;3、下调lnc-EPIC1表达水平,胰腺癌细胞生长、增殖功能降低,凋亡率增高;4、Lnc-EPIC1通过靶向结合YAP1,调节细胞周期蛋白Cyclin A1,CDC20,CDK4,促进胰腺癌的进展。

关键词： 多鳞白甲鱼   年龄   生长   形态学   线粒体基因  

摘要： 多鳞白甲鱼(Onychostoma macrolepis)是已知的鲃亚科鱼类中唯一能够广泛分布到长江以北黄河、淮河、海河水系的一个种,在重庆境内仅任河和大宁河有分布。本研究于2019年7月至10月在任河和大宁河采集多鳞白甲鱼,共374尾,采用常规生物学方法、传统形态学、多变量形态度量学方法、二代测序技术等对这两条河流多鳞白甲鱼的年龄和生长特性、形态学和遗传学特征进行了比较研究。以期为全面了解多鳞白甲鱼在两条河流的表型适应性特征提供基础资料,同时也为我国多鳞白甲鱼的野生资源保护和群体动态监测提供技术支撑,主要研究结果有以下3个方面:1.首先,多鳞白甲鱼的鳞片为圆鳞,年轮围绕鳞焦呈闭合同心圆排列,年轮特征主要表现为典型的切割型,适合5龄及以下鱼类的鉴定;多鳞白甲鱼主鳃盖骨为近似不规则四边形,表面轮纹平行排列,在自然光下,处理好的鳃盖骨上明暗相间的环纹肉眼可见,但部分低龄个体副轮较多;多鳞白甲鱼的椎骨为双凹型,在解剖镜下用入射光观察,可以清楚的看到椎骨上明暗交替的同心环纹,且适合10龄以下鱼类的鉴定。脊椎骨年龄读数的总吻合率高于鳞片和鳃盖骨的总吻合率。脊椎骨与鳃盖骨的吻合率为81.77%,与鳞片的吻合率较高,为89.81%。因此,在本研究三种年龄鉴定材料中,脊椎骨为多鳞白甲鱼年龄鉴定的最佳材料。多鳞白甲鱼任河群体共7个年龄组,且最大年龄为7龄,对应的体长最大值为221.8 mm,体重最大值为192.2 g;多鳞白甲鱼大宁河群体共9个年龄组,且最大年龄为10龄,对应的体长最大值为261.8 mm,体重最大值为251.8 g。两个群体的优势年龄组均为2龄,任河群体2龄个体占总样本的45.6%;大宁河群体2龄个体占总样本的50.8%。多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体的体长(L)和体重(W)关系表现为异速生长,任河群体:Wt=1.492×10-5L3.010(R2=0.969,n=250),大宁河群体:Wt=0.471×10-5L3.219(R2=0.984,n=124),用Von Bertalanffy方程描述两个群体的生长特性,任河群体:Lt=341.722[1-e-0.126(t+1.266)],Wt=631.506[1-e-0.126(t+1.266)]3.010;大宁河群体:Lt=371.053[1-e-0.106(t+1.647)],Wt=879.170[1-e-0.106(t+1.647)]3.219。估算多鳞白甲鱼任河群体和大宁河群体的拐点年龄分别为4.44龄和5.06龄,任河群体对应的体长和体重分别为175.2 mm、84.6 g;大宁河群体对应的体长和体重分别为188.8 mm、99.9 g。2.其次,分别对采自任河的158尾和大宁河的108尾多鳞白甲鱼样本进行形态学数据采集,共测量19项可量性状和14项框架结构性状,并对7项可数性状进行计数。独立样本T检验结果显示:两个群体之间共有3个可数性状和24个形态学度量指标存在着显著性差异(P<0.05);差异结果表明,虽然两群体的最高差异系数达0.962,但是两个群体的表观形态差异未达到亚种的水平;主成分分析结果显示,从33组校正后的形态学度量指标提出的前8个主成分累积贡献率为64.1%,其中头部和鳍条的长度对两群体间的差异贡献率较大;判别分析筛选出了14个对区分两个群体贡献较大的形态学量度指标,并建立了两个群体的判别函数式,经判别得出两群体的综合判别正确率为97.0%。3.最后,通过二代测序平台、软件拼接技术对两个群体各3尾(共6尾,RH.1、RH.2、RH.3、DNH.1、DNH.2、DNH.3)多鳞白甲鱼线粒体基因组全序列进行测序和分析。6个样品的序列全长介于165576559 bp之间,线粒体基因组构成基本一样,一共编码37个基因:即13个m RNA基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因(16S r RNA,12S r RNA),另外还有1个非编码控制区(D-loop区)。6个样品除了D-loop区的序列长度不一致外,其余基因序列长度均相等,蛋白质编码基因长度为11409 bp;t RNA编码基因长度为1563 bp;r RNA编码基因长度为2582 bp。6个样品T、C、A、G碱基含量近乎相同,A碱基含量最高,介于31.27%1.29%之间;G碱基含量最低,大多数样本均为16.21%,仅1个样本为16.19%;AT的含量为55.80%左右,明显高于GC含量(约44.19%),表明多鳞白甲鱼线粒体基因组具有AT偏好性。对6个样本的线粒体全基因序列进行比较,结果显示:两个群体个体之间的遗传距离介于0.0028.0127,群体内个体间的遗传距离介于0.0000.0109,表明两个群体个体间亲缘关系非常接近,未达到亚种分化的水平。依据现有研究结果,使用22种鱼类(包括

关键词： 朴树   乡土树种   叶绿体全基因组   群体遗传学   物种保护  

摘要： 朴树(Celtis sinensis Pers.)隶属于属大麻科(Cannabaceae),朴属(Celtis),为高大落叶乔木。朴树为我国华东地区典型的乡土树种,也是山地人工林群落演替过程中典型的先锋树种,在地带性植被群落演替及恢复中发挥着重要作用,常见于山坡、林缘、村庄、路旁和庭院旁,用作园林观赏植物以及行道树栽植。本研究选取朴树为研究对象,通过Illumina Hi Seq Xten测序平台对朴树进行浅层次的全基因组测序,来进行其叶绿体全基因组的组装。同时基于10个核微卫星分子标记(Nuclear Microsatellite,n SSR)对包括江苏徐州城区石灰岩山地、安徽皇藏峪省级自然保护区及周边乡村等在内的13个朴树居群(共426个植株体)开展了群体遗传学研究。本研究一方面旨在通过徐州石灰岩山地侧柏人工林不同演替阶段林下先锋树种朴树的遗传多样性动态变化来探讨其在群体演替过程中的遗传结构动态变化;另一方面则对城镇化进程等人类活动干扰对乡土植物朴树的遗传多样性影响程度进行分析和评估,并据此对乡村生态建设中乡土树种的保护提出相应的建议。主要研究结果如下:(1)基于二代高通量测序数据,成功组装了朴树的磨山(MS)个体的叶绿体全基因组。朴树叶绿体全基因组的大小为159,092 bp(Gen Bank Number:MN481989),在结构上呈典型的四分体结构,具体由一对长为26,895 bp的反向重复序列(IR,Inverted Repeat Region)和两个单拷贝区域(LSC,Large Single Copy,长86,085 bp和SSC,Small Single Copy,长19,217 bp)分隔。其基因组成上共包含131个基因,包括87个蛋白编码基因、36个转运体RNA和8个核糖体RNA。(2)微卫星位点多态性:10个微卫星位点一共扩增出205个等位基因,每个位点的等位基因数(Number of alleles,N)范围为11-43,平均值为20.60。每个位点的观测杂合度(Observed heterozygosity,Ho)范围为0.101-0.791,平均值为0.5608;期望杂合度(Expected heterozygosity,H)范围为0.140-0.945,平均值为0.6613;居群内遗传多样性(Genetic diversity within populations,H)范围为0.099-0.844,平均值为0.600;总体居群间遗传多样性(Total genetic diversity,H)范围在0.136到0.950,平均值为0.662;多态位点信息指数(Polymorphism information content,PIC)的范围为0.138-0.941,平均值为0.638。(3)居群遗传多样性:13个朴树野生居群的整体遗传多样性较高,其中位于徐州周边的乡村耿集村(GJC)的的遗传多样性最高(Allelic richness,A=8.729,Ho=0.633,H=0.581),野窑村(YYC)群体的平均遗传多样性最低(A=5.664,Ho=0.450,H=0.552)。按石灰岩山地侧柏人工林林龄由大到小的顺序:泰山(50年代)、泉山(60年代)、拉犁山(70年代)、磨山(80年代)中各朴树居群的遗传多样性依次减小,且居群间遗传多样性差异显著(P<0.05),上述结果表明在人工林演替进程中,群落中生境异质性的逐渐增加降低了物种的选择压,进而为林下朴树的生长提供了更多空间和资源。在徐州地区的针叶林向落叶阔叶林演替的过程中,朴树群体的遗传多样性呈现出先升后降的动态变化,两个处于针阔混交林阶段的朴树群体(LLSM、QSM)遗传多样性最高,结果表明朴树的遗传多样性变化与先锋树种的群落动态特征相吻合。徐州城区周边农村地区的朴树(乡土树种)居群间遗传多样性与乡村城镇化、园林化的程度呈负相关,且存在显著差异(P<0.05)。皇藏峪自然林缘朴树群体遗传多样性高于林窗群体,且差异显著(P<0.05)。综上所述,我们建议在美丽乡村建设过程中,需尽可能保留乡土树种,维持其遗传多样性水平,不同种源引种也会提高朴树的遗传多样性。其中耿集村和皇藏峪林缘的两个朴树群体具有较高的遗传多样性,表明其具有较高的遗传资源保护价值。(4)群体遗传分化信息:13个朴树群体聚类为两个遗传谱系,其中位于安徽皇藏峪自然保护区的2个居群和徐州城区石灰岩山地泰山居群的属于同一分支;其余10个居群属于另一个分支,其中耿集村居群遗传距离与前一分支较为接近,推测其群体内存在人工引种。朴树遗传变异系数(F)为0.1289,表明群体间存在中等程度的遗传分化。朴树群体总体遗传变异中有0.2%存在于组群间,12.69%存在于群体间,87.11%存在于群体

关键词： 遗传进化的集群算法   数据融合   影像遗传学   机器学习   轻度认知障碍  

摘要： 大脑是人类全身最特殊的器官,其复杂的运行机制离不开神经系统和基因等物质共同作用。影像遗传学是一门将神经影像学和遗传学相结合的新兴交叉学科,使得研究人员可以从宏观和微观两种角度探究大脑的工作原理。而机器学习模型已被广泛应用于大脑中的各种复杂问题的求解。因此,本文基于影像遗传学数据,利用遗传进化的集群算法对早期轻度认知障碍症患者和晚期轻度认知障碍症患者进行深入研究。具体研究内容如下:(1)提出遗传进化的集群算法——一种新的特征提取和分类方法。引入遗传进化和集成学习的思想,随机选择样本和样本特征构建集群,并在遗传进化过程中逐渐地剔除无关特征和冗余特征,通过在全局范围内自动寻优来优化算法,进而提高了模型的性能,达到较好的泛化能力。(2)基于遗传进化的随机森林对早期轻度认知障碍进行研究。首先,对37个早期轻度认知障碍患者和36个正常人的静息态功能磁共振成像数据和基因数据进行融合,构建融合特征。其次,构建遗传进化的随机森林模型,对患者和正常人进行分类并提取出能够区分患者和正常人的最优特征。最后,对最优特征进一步地统计分析,找到致病脑区和异常基因。研究结果表明,与其他方法相比,该模型具有较好的分类性能和特征提取能力,并发现了一些与疾病相关的致病脑区和异常基因。该模型有利于发现早期轻度认知障碍患者的多因子发病机理,为早期轻度认知障碍的临床诊断和治疗提供了一个新技术。(3)基于遗传进化的随机神经网络集群对晚期轻度认知障碍进行研究。首先,针对26名晚期轻度认知障碍患者和36名正常人的影像遗传学数据进行特征融合。其次,构建遗传进化的随机神经网络集群,对样本进行分类和最优特征提取。最后,找出晚期轻度认知障碍的致病脑区和异常基因。与其他方法相比,基于该模型的分类和特征提取框架取得了更好的结果。研究结果说明该模型有利于发现晚期轻度认知障碍患者的多因子发病机理,为该疾病的临床诊断和治疗提供强力支持,并促进了机器学习算法在精准医疗中的应用。

关键词： 多发性骨髓瘤   细胞遗传学异常   FISH   截断值   生存   预后  

摘要： 背景与目的:多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)是一种浆细胞恶性克隆增殖性疾病,好发于老年人,占所有血液系统恶性肿瘤的10%,其特征是骨髓中单克隆浆细胞的恶性增殖和积累以及血清或尿液中单克隆免疫球蛋白的存在,典型临床表现为高钙血症、骨病、贫血、肾功能损害;以及由于免疫力下降导致的感染、高粘滞血症等靶器官损害等,在临床表现及疾病的预后均有广泛的异质性为特点。近年来,随着对肿瘤理解的不断加深,为MM的治疗方案和新药开发提供了理论基础,包括免疫调节药物(IMi Ds),蛋白酶体抑制剂(PIs),单克隆抗体和组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂等在临床得到了广泛使用,使得MM患者总生存期不断延长,但目前仍不能治愈,不同MM患者对治疗反应有很大不同,研究证实MM细胞遗传学异常对预后有重要影响。如何更加有效的评估患者预后成为国际上研究的重点之一。荧光原位杂交技术(FISH)是目前对MM患者细胞遗传学进行定性及定量异常的标准方法,但目前对如何通过FISH结果对MM患者进行危险分层尚有争议,通过荧光原位杂交方法检测到的不同染色体异常比例有何临床意义的临界值也尚不清楚。本研究为回顾性病例对照研究,通过收集我院533例多发性骨髓瘤患者临床资料,通过分析荧光原位杂交检测到的不同染色体异常数量及组合对患者预后的影响。研究染色体异常与多发性骨髓瘤患者预后之间的关系,为多发性骨髓瘤的危险程度分级及针对性治疗提供循证医学依据。方法:收集了共533例在上海长征医院收治的初诊为MM患者,所有患者治疗前经过荧光原位杂交检测细胞遗传学异常,收集信息主要包括患者在第一次治疗时的性别、年龄、M蛋白类型、DS分期、ISS分期、LDH、血小板计数、骨髓浆细胞计数、治疗方案、移植方式、FISH检测结果。采用SAS Version 9.4及R version 3.4.1进行统计分析,计量资料以均数±标准差表示,计数资料以例数和百分比表示。采用K-Adaptive Partitioning法计算t(11;14)、t(4;14)、t(14;16)、1q21+、17p-、13q-对预后影响的最显著的cut-off值,并与目前应用较广泛的EMN(European Myeloma Network)标准进行比较,基于FISH的不同cut-off值将患者进行分类,通过单因素及多因素分析不同患者的OS及PFS,比较每种不同染色体异常与正常患者间生存差异;然后将所有患者分为无染色体异常、1种染色体异常、2种染色体异常、2种以上染色体异常4个亚组,比较每组间生存差异。采用Kaplan-Meier检验进行生存分析,应用log-rank检验对观察指标进行单因素分析并绘制生存曲线图;采用COX比例回归模型探索生存率的影响因素,单因素分析P<0.05的观察指标将纳入多因素模型,多因素模型经进一步采用逐步法筛选变量,最终入选变量将作为独立影响因素。所有检验均采用双侧检验,以p<0.05为差异有统计学意义。结果:(1)533例MM患者根据EMN标准检测出的FISH结果Ig H易位、1q21+、17p-、13q-的发生率分别为64.73%(345/533)、55.16%(294/533)、12.76%(68/533)、45.59%(243/533)。对于Ig H易位患者,进一步行t(11;14)(q13;q32)、t(4;14)(p16;q32)、t(14;16)(q32;q23)检测,结果示:t(11;14)、t(4;14)、t(14;16)的发生率分别为13.32%(71/533)、17.45%(93/533)、1.88%(10/533),单因素分析提示1q21+、17p-、13q-阳性患者较1q21+、17p-、13q-阴性患者预后差,PFS及OS均有统计学差异,P<0.05。(2)应用K-Adaptive Partitioning法计算染色体异常cut-off值如下:17p-20.1%,13q-85%,1q21+39%,t(11,14)55.5%,t(14,16)0%,t(4,14)53.5%。单因素分析提示1q21+、17p-、13q-阳性患者较1q21+、17p-、13q-阴性患者预后差,PFS及OS均有统计学差异,P<0.05。(3)根据EMN标准进行多因素分析,PFS的独立预后因素包括:1q21+[HR,1.667(95%CI,1.226-2.266),P=0.001],17p-[HR,1.836(95%CI,1.247-2.704),P=0.002],年龄[HR,1.020(95%CI,1.004-1.036),P=0.012],ISS 3期[HR,2.641(95%CI,1.791-3.893),P<0.001],LDH[HR,1.002(95%CI,1.001-1.003

摘要： Inherited optic neuropathies represent an important cause of chronic visual morbidity among children and young adults. This group of disorders is genetically heterogeneous and it can be caused by pathogenic mutations within both the mitochondrial and nuclear genomes. The unifying pathophysiological theme is mitochondrial dysfunction, but the specific disease mechanisms that ultimately precipitate neuronal loss, particularly retinal ganglion cell (RGC) degeneration, still remain unclear. The work presented in this thesis provides further insight into the molecular and genetic basis of two classical forms of inherited optic neuropathy, namely autosomal dominant optic atrophy (DOA) and Wolfram syndrome. Dominant optic atrophy (DOA) secondary to pathogenic OPA1 mutations is the most common inherited optic neuropathy diagnosed in clinical practice. The pathology is characterised by the preferential loss of RGCs within the inner retina and optic nerve degeneration. Although most OPA1 mutation carriers will only develop isolated optic atrophy, a subgroup of patients, referred to as DOA plus (DOA+), will develop more severe neuromuscular complications in addition to visual failure. The complexity of these clinical presentations may be due in part, to the various roles of OPA1 in the mitochondrial compartment such as regulating mitochondrial fusion and cristae structure, sequesterisation of pro-apoptotic molecules, mitochondrial DNA (mtDNA) maintenance, proper functioning of the oxidative phosphorylation system and calcium homoeostasis. To investigate the disease mechanisms that could explain the varying clinical manifestations and severity of OPA1 mutations, I made use of a cohort of eight fibroblast cell lines established from four patients with pure optic atrophy (OA) and four patients with DOA+ phenotypes. OPA1 expression and mitochondrial fragmentation patterns were compared between these two groups. There was no significant disruption in OPA1 transcription, mitochondri

关键词： 肺癌   辐射增敏剂   SP2509   MEN1   LSD1  

摘要： 肺癌是恶性程度最高的癌症之一,临床上常采用外科手术、放化疗结合以及靶向药物为其主要治疗方式。放射治疗有效抑制早期肺癌的肿瘤发展及晚期转移,是肺癌患者的首要治疗策略。但放疗抗性的产生严重干扰肺癌患者的预后,因此辐射抗性的发生机制与放疗增敏剂的开发成为亟待解决的问题。MEN1作为重要的表观遗传调控子调控多种表观遗传学过程,并且MEN1基因的表达与肺癌的疾病发展进程密切相关。本研究旨在基于menin调控肺癌辐射抗性的表观遗传学机制筛选潜在的电离辐射放疗增敏剂。本研究利用menin失活肺癌细胞系,通过克隆形成以及细胞增殖活性检测等体外研究方法证实:menin参与调控肺癌细胞的电离辐射敏感性。通过表观遗传药物库筛选,初步得到特异性抑制menin失活型肺癌细胞增殖活性的小分子抑制剂SP2509。为了进一步验证SP2509对menin失活诱导肺癌的抑制作用,本文通过细胞增殖活性检测、SA-β-gal衰老染色以及克隆形成等体外研究方法证明SP2509能够逆转由于menin失活引起的肺癌恶性表型;通过构建Men1肺部特异性敲除KrasG12D突变激活的原发性肺癌小鼠进行体内药效学评价,确定SP2509能够有效抑制Men1失活诱导肺癌的肿瘤发展进程。最终通过克隆形成实验验证SP2509能否抑制menin失活肺癌细胞的电离辐射抗性。本文证实MEN1参与调控肺癌细胞的电离辐射敏感性,是开发肺癌放疗增敏剂的重要潜在靶点。SP2509在MEN1失活诱导神经内分泌分化型肺癌的肿瘤生长进程中发挥了显著的抑制作用,能够有效逆转由于MEN1失活引起的肺癌辐射抗性。

关键词： 肺动脉闭锁   全外显子测序   BMPR2基因   疑似致病变异  

摘要： 背景与目的 随着近年来二代测序技术（NGS）的快速发展及其在临床检测中的广泛应用,尤其全外显子测序（WES）在遗传性疾病临床诊断中的应用,使大量的遗传病致病基因及变异被发现。本研究在临床分析的基础上,拟采用WES对1个三代2人发病的肺动脉闭锁家系进行测序分析,以期寻找该家系的遗传学病因,为进一步的治疗和遗传咨询提供参考。方法 肺动脉闭锁家系的临床确诊严格采用心脏彩超及心血管造影检查进行诊断,两例患者均于我院就诊并接受手术治疗,术中均证实为室间隔完整型肺动脉闭锁;遗传学病因的研究通过采集家系所有成员外周血并提取基因DNA,对先证者及其父母进行全外显子测序,对其余亲属采用Sanger测序进行已知变异的验证性检测。采用SIFT、Polyphen-2及保守性分析对变异位点的致病性进行分析,并根据美国ACMG的变异分类指南对检测到的致病变异进行分类。结果 临床症状及心脏彩超均支持该家系先证者的临床诊断结果为室间隔完整型肺动脉闭锁,并均进行过肺动脉闭锁修补手术,术中得以证实;核心家系全外显子测序共检测到先证者17059个基因存在97103个变异位点,通过数据库及预测软件的过滤分析得到26个参考变异,最后通过结合临床表型及家系成员的Sanger测序检测及家系共分离分析得到BMPR2基因的c.2804C＞T（p.A935V）变异为该肺动脉闭锁家系可能的遗传学病因。根据美国ACMG变异分类指南,该变异可归类为疑似致病变异结论 先天性肺动脉闭锁存在多种致病基因,全外显子测序技术在探索其遗传学病因方面具有巨大的潜力;BMPR2基因的c.2804C＞T（p.A935V）变异为导致先天性肺动脉闭锁的疑似致病变异。

关键词： 松树蜂   快速鉴定   线粒体标记   微卫星标记   适生区预测  

摘要： 松树蜂(Sirex noctilio Fabricius)隶属于膜翅目Hymenoptera,树蜂科Siricidae,树蜂亚科Siricinae,树蜂属Sirex,是国际上重大的林业检疫性有害生物,原产于欧亚大陆与北非。近120年来,在世界除南极洲外的各大洲均有入侵。2013年发现入侵中国,对我国樟子松林造成严重危害,并对我国的油松等其他松属植物有潜在威胁。本研究针对新入侵有害生物松树蜂,缺乏快速精准的检验检疫手段,种群来源与扩散路径尚不明确等问题,开发了松树蜂快速鉴定技术,实现了满足于检验检疫需求的快速精准鉴定;采用线粒体标记和微卫星标记技术,以松树蜂中国种群为研究主体,比较分析松树蜂和我国本土近缘种新渡户树蜂种群,以及国外其他松树蜂种群的遗传特征,由此推测我国松树蜂种群的来源和种群扩散情况;最后,基于分布数据与气候数据,模拟未来气候条件下松树蜂在我国以及世界范围的分布。本研究旨在为松树蜂的早期检测与预警提供理论与技术支撑,主要研究结果如下:1.开发了针对松树蜂的特异性强、稳定性好和灵敏度高的引物,实现了对松树蜂的快速准确鉴定。为解决树蜂属昆虫幼虫形态极为相似,非成虫虫态形态鉴定困难这一难题,对比分析17种树蜂昆虫的碱基序列,设计开发出松树蜂特异性SS-COI引物1对。以5种我国常见树蜂科昆虫作为对照进行检验,其中包括:3种不同虫态(幼虫、蛹与成虫)、16个不同地理来源以及不同浓度梯度的松树蜂基因组DNA样本。2.明确了松树蜂与中国本土种新渡户树蜂遗传特征差异显著,松树蜂具有入侵种的特点。利用线粒体COI基因序列对松树蜂与其近缘种新渡户树蜂种群遗传特征进行比较分析,遗传多样性结果显示:松树蜂变异位点占比为3.03%、单倍型数量13个、单倍型多样性(h)0.3550、核苷酸多样性(π)0.0012;相比而言,新渡户树蜂变异位点占比为9.44%、单倍型数量64个、单倍型多样性(h)0.8070、核苷酸多样性(π)0.0067。遗传结构结果显示:松树蜂种群内单倍型多样性低(h=0～0.5630,平均值为0.1381),不同单倍型间具有明显的遗传结构分化,且各单倍型呈现明显的地理分布格局;而新渡户树蜂种群内单倍型多样性高(h=0～1,平均值为0.6196),不同单倍型间无明显的遗传结构分化,单倍型的地理区划特征不明显。由此可见,松树蜂具有一般入侵种的特点。3.松树蜂中国种群分西北与东南两组,可能来源于至少两次以上的独立入侵。使用线粒体与微卫星两种分子标记对松树蜂中国不同地理种群的遗传特征进行比较,AMOVA与Structure结果均显示松树蜂中国种群分西北与东南两组。基于线粒体序列的AMOVA分析结果支持依据地理距离、城市区域(组间变异率:38.64%>组内种群间变异率:9.15%,P≤0.01)与纬度差异(组间变异率:25.58%>组内种群间变异率:22.46%,P≤0.01)的分组方式,且单倍型的地理分布与该分组方式吻合,主要分为西北部与东南部两组。基于8个中高度多态性的微卫星位点(多态信息含量:0.2782～0.7881)对样本进行标记,Structure分析结果将松树蜂中国种群分两支(Cluster1与Cluster2)。这两分支间显现出明显的地理结构分化,西北部以Cluster 2为主(占93.7583%),而东南部以Cluster 1为主(占67.5390%),两地理组分间遗传分化系数(Fst)为0.6667,发生高度的遗传分化(Fst>0.25)。全球松树蜂单倍型系统发育的研究结果显示,中国西北部松树蜂种群(满洲里、霍都奇、红花尔基)可能来源于欧洲与南美洲;中国东南部松树蜂种群可能来源于各大洲,其中以欧洲与北美洲可能性最大。4.入侵中国的松树蜂种群出现快速扩张的现象,种群有向南扩散的趋势,人类活动对其传播扩散有较大的影响。使用线粒体COI标记对全球松树蜂种群的遗传特征比较分析。欧洲原产地种群、北美入侵种群、中国入侵种群的遗传结构特征(样本数量、单倍型数量、每个单倍型样本容量)的评估值分别为:欧洲(44个、4个、11个)、北美洲(39个、2个、19个)与中国(193个、8个、24个),与北美洲相比,松树蜂中国种群每个单倍型样本容量相对于原产地有较强的增加;欧洲原产地种群的遗传多样性参数(h=0.533、π=0.00194)显著高于北美洲(h=0.264、π=0.00082)与中国(h=0.311、π=0.00114)入侵种群,与北美洲相比,中国松树蜂种群的遗传多样性相对于原产地有较弱的下降。上述结果揭示出中国松树蜂种群可能在经历了入侵初期的瓶颈效应后,又通过种群的快速扩张保持了较高的遗传多样性。对地理种群进行Mantel检验,结果显示遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.38878,p<0.01);但也存在一些地理

关键词： history   general  

ISBN: (数字)9781526138187 ISBN: (纸本)9781526138170

摘要： Is deafness a disability to be prevented or the uniting trait of a cultural community to be preserved? Combining the history of eugenics and genetics with deaf ...