关键词:
肌萎缩侧索硬化(ALS)
视神经蛋白(OPTN)
二代测序
基因突变
表型
肌萎缩侧索硬化(ALS)
SETX基因
ACMG/AMP指南
变异致病性评估
变异重分级
肌萎缩侧索硬化(ALS)
全外显组测序(WES)
罕见变异关联分析(RVAS)
SKAT-O
SOX8基因
脑皮层类器官
肌萎缩侧索硬化(ALS)
SCFD1基因
基因敲低
细胞自噬
摘要:
肌萎缩侧索硬化(Amyotrophic lateral sclerosis,ALS)是一类致死性神经系统变性病,迄今病因不明,尚无有效治疗方法。遗传因素在ALS发生、发展过程中起到重要作用,但目前存在许多未知。本论文围绕ALS的遗传学展开,从已知基因分析到寻找新基因,到基因的功能研究,包括四个部分:
第一部分基于ALS已知基因——OPTN突变频率及突变位点在不同种族中差异较大,且中国人群数据相对缺乏,采用二代测序对OPTN在中国ALS患者中的突变情况进行分析。研究期间发现变异的致病性解读是当前科研及临床工作中的一大挑战,不同实验室标准不一,对同一个变异的致病性解读结果存在差异。因此在第二部分,选取了一个表型关联尚未阐明的ALS基因——SETX,对其进行基因及疾病特异性的ACMG/AMP指南定制,基于改良版ACMG/AMP指南对SETX的遗传谱及表型谱进行分析。
上述两部分是针对ALS已知基因,研究期间发现ALS很大一部分遗传度未被解释,新的ALS基因仍有待被发现。因此在第三部分进行了一项罕见变异关联分析,寻找新的ALS致病基因。而通过群体遗传学研究得到的基因,对其进行验证和功能解读是一大挑战,因此第四部分从临床过渡到基础,对基因的分子功能进行研究。第四部分基于ALS脑类器官模型,探索一个在人群中被反复报道但尚无功能验证证据的ALS基因——SCFD1的可能致病机制。
本论文从ALS已知基因分析(基因变异谱、基因型-表型关联、变异的致病性解读),到寻找新基因,到基因的分子功能研究,层层递进,旨在为临床遗传咨询提供参考,为将来的ALS机制研究及靶向治疗开发提供初步数据。
第一部分中国大陆ALS患者OPTN基因突变研究
背景及目的:探讨视神经蛋白(OPTN)基因在中国ALS患者中的变异情况。
研究方法:对398例ALS患者(33例家族性及365例散发性)进行基因靶向测序(panel包括OPTN基因),进行生物信息学分析及表型分析。
研究结果:在6名无亲缘关系的散发性ALS(SALS)患者中检出6个OPTN非同义突变,排除了 2个良性/可能良性变异后,SALS患者中OPTN基因突变频率为1.10%(4/365)。在这6个变异中,4个为新发现的错义突变:c.247C>T(p.R83C),c.676T>C(p.F226L),c.1699A>G(p.Y567A)和 c.1713C>G(p.H571CQ)(均为杂合),其余 2 个此前已有报道。6名OPTN突变携带者均为脊髓起病,但在疾病亚型、发病年龄、疾病进展等表型方面各不相同。其中一名患者同时携带2个不同的OPTN变异,另一名患者同时存在一个SETX基因突变。
结论:OPTN基因突变在亚洲ALS人群中相对常见,未发现明确的基因型-表型关联,同一突变携带者的表型差异可能部分是由于ALS的寡基因遗传特点所致。
第二部分基于改良版ACMG/AMP指南研究SETX基因在ALS患者中的突变谱及表型关联
背景及目的:SETX基因突变与肌萎缩侧索硬化4型(ALS4)相关,ALS4是一种少见的青少年型家族性ALS(FALS),为常染色体显性遗传。此后随着二代测序的发展,越来越多SETX突变在成人起病的散发性ALS(SALS)中被报道,但致病性不明确,且不同实验室的致病性分级结果差异较大。本课题对一个中国大陆ALS队列进行SETX基因突变筛查,并汇总既往报道过的变异,进行统一致病性重分级,旨在探索SETX基因在ALS中的突变谱和相关表型。
研究方法:对496名中国ALS患者(38 FALS+458 SALS)及460名同种族对照人群进行基因靶向测序(panel包括SETX基因)。对2015通用版ACMG/AMP指南进行基因及疾病特异性改良,基于改良版ACMG/AMP指南搭建统一的变异分级半自动化工具,对本队列中检出的及既往报道过的SETX变异进行致病性重分级,分析基因型-表型关联。
研究结果:在本ALS队列的32名患者中(6.45%,32/496)检测到28个SETX基因非同义突变,其中27个变异分级为意义未明(VUS),1个为可能良性(LB),没有致病/可能致病(P/LP)的突变;32名携带者中无ALS4患者。对本队列检出的及既往报道过的共135个SETX变异进行致病性重分级,结果与InterVar自动预测结果或ClinVar数据库中的记录存在一定差异,总体而言本分级工具敏感性更高,但VUS变异仍占比相当高(91.11%,123/135)。在135个SETX变异中,仅3个ALS4相关突变的重分级结果为P/LP。
结论:SETX基因变异与ALS4以外的其他ALS患者的关联尚不明确。对ACMG/AMP指南进行基因及疾病特异性改良对于提升变异分级的敏感性和一致性有一定帮助。
第三部分中