新型冠状病毒肺炎——专题资源库

基于SEIR模型对武汉市新型冠状病毒肺炎疫情发展趋势预测

蔡洁 贾浩源 王珂 

《山东医药》  2020年 第6期60卷 1-4页

目的预测武汉市新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)疫情的发展趋势及不同管控开始时间、管控强度对新冠肺炎疫情的影响。方法收集2020年1月20日~2月18日武汉市新冠肺炎疫情的相关数据,利用Matlab构建SEIR模型,模拟新冠肺炎疫情发展趋势,利用Pearson相关性检验分析模拟的武汉市新冠肺炎疫情与实际疫情的相关性,加入不同管控时效(即自1月23日武汉封城后第10天,第15天和第20天开始管控)和不同管控强度(即易感者分别接触10、7、3例)等参数分析防控策略对武汉市新冠肺炎疫情发展的影响。结果SEIR模型模拟的武汉市新冠肺炎疫情拐点出现在武汉封城后第3...

目的预测武汉市新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)疫情的发展趋势及不同管控开始时间、管控强度对新冠肺炎疫情的影响。方法收集2020年1月20日~2月18日武汉市新冠肺炎疫情的相关数据,利用Matlab构建SEIR模型,模拟新冠肺炎疫情发展趋势,利用Pearson相关性检验分析模拟的武汉市新冠肺炎疫情与实际疫情的相关性,加入不同管控时效(即自1月23日武汉封城后第10天,第15天和第20天开始管控)和不同管控强度(即易感者分别接触10、7、3例)等参数分析防控策略对武汉市新冠肺炎疫情发展的影响。结果SEIR模型模拟的武汉市新冠肺炎疫情拐点出现在武汉封城后第35天,即2月底,同时新冠肺炎疫情在4月底基本得到控制。SEIR模型模拟的武汉市新冠肺炎疫情发展情况与实际新冠肺炎疫情的相关系数为0.96(P<0.05)。与1月23日武汉封城后第15、20天开始管控相比,第10天开始管控的新冠肺炎疫情感染者峰值分别减少160.95%和98.67%。易感者接触3例比易感者分别接触10、7例的新冠肺炎疫情感染者峰值分别下降49.21%和34.84%。结论现有管控措施影响下,基于SEIR模型预测的武汉市新冠肺炎疫情拐点出现在武汉封城后第35天,与实际已经发生的新冠肺炎疫情符合,新冠肺炎疫情基本在4月底可得到控制。越早开始管控并且管控强度越大,对新冠肺炎疫情的干预越有效,宜尽早切断传播途径。

关键词： 肺炎   新型冠状病毒肺炎   SEIR模型   管控强度   管控开始时间  

来源：

基于一类时滞动力学系统对新型冠状病毒肺炎疫情的建模和预测

严阅 陈瑜 刘可伋 罗心悦 许伯熹 江渝 程晋 

《中国科学：数学》  2020年 第3期50卷 385-392页

2019年12月,新型冠状病毒肺炎(novel coronavirus pneumonia,NCP)疫情从武汉开始暴发,几天内迅速传播到全国乃至海外.科学有效地掌控疫情发展对疫情防控至关重要.本文基于全国各级卫生健康委员会每日公布的累计确诊数和治愈数,提出一类基于时滞动力学系统的传染病动力学模型.在模型中引入时滞过程,用来描述病毒潜伏期和治疗周期.通过公布的疫情数据,首先准确反演模型的参数;其次有效地模拟目前疫情的发展,并预测疫情未来的趋势;最后分析各级政府防控措施手段的有效程度,并发现在现有的高效防控措施下,疫情将在近期好转.

2019年12月,新型冠状病毒肺炎(novel coronavirus pneumonia,NCP)疫情从武汉开始暴发,几天内迅速传播到全国乃至海外.科学有效地掌控疫情发展对疫情防控至关重要.本文基于全国各级卫生健康委员会每日公布的累计确诊数和治愈数,提出一类基于时滞动力学系统的传染病动力学模型.在模型中引入时滞过程,用来描述病毒潜伏期和治疗周期.通过公布的疫情数据,首先准确反演模型的参数;其次有效地模拟目前疫情的发展,并预测疫情未来的趋势;最后分析各级政府防控措施手段的有效程度,并发现在现有的高效防控措施下,疫情将在近期好转.

关键词： 新型冠状病毒肺炎   时滞动力学模型   参数反演   疫情预测  

来源：

粤西地区及各地级市新型冠状病毒肺炎疫情发展趋势预测分析—基于Holt双参数指数平滑模型的研究

林挺葵 吴家园 刘华锋 潘振宇 李筱 赖维光 赖天文 吕军 

《实用心脑肺血管病杂志》  2020年 第2期28卷 13-17页

背景我国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控仍处于关键时期,而判断疫情未来流行趋势是制定下一阶段防控措施的关键所在。目的通过计算粤西地区及各地级市COVID-19的基本再生数(R0)而预测粤西地区疫情发展趋势。方法依据广东省卫生健康委员会截止2020年2月18日24时的官方数据构建传染病动力学SIR模型,计算现阶段粤西地区及各地级市COVID-19的R0,并采用Holt双参数指数平滑模型预测其发展趋势。结果疫情初期粤西地区及各地级市COVID-19的R0最大,随后呈下降趋势;根据拟合结果发现,Holt双参数指数平滑模型对粤西地区及各地级市COVID-19 R0...

背景我国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控仍处于关键时期,而判断疫情未来流行趋势是制定下一阶段防控措施的关键所在。目的通过计算粤西地区及各地级市COVID-19的基本再生数(R0)而预测粤西地区疫情发展趋势。方法依据广东省卫生健康委员会截止2020年2月18日24时的官方数据构建传染病动力学SIR模型,计算现阶段粤西地区及各地级市COVID-19的R0,并采用Holt双参数指数平滑模型预测其发展趋势。结果疫情初期粤西地区及各地级市COVID-19的R0最大,随后呈下降趋势;根据拟合结果发现,Holt双参数指数平滑模型对粤西地区及各地级市COVID-19 R0的预测值与观察值的相关性较强,可见该模型预测较准确;Holt双参数指数平滑模型预测粤西地区及各地级市COVID-19疫情可能在2月底迎来“拐点”并走向消亡。结论Holt双参数指数平滑模型对粤西地区及各地级市COVID-19 R0的预测较准确,并预测在现有高效防控措施下,粤西地区及各地级市COVID-19疫情正在好转,有望在2月底出现“拐点”。

关键词： 肺炎,病毒性   新型冠状病毒肺炎   SIR模型   基本再生数   Holt双参数指数平滑模型  

来源： 维普期刊服务平台

新型冠状病毒感染的流行特点与趋势

张昕 李小溪 聂为民 黄磊 

《传染病信息》  2020年 第1期33卷 45-50页

自2019年12月底以来,湖北省武汉市报告了一组与华南海鲜市场有关的病因不明的肺炎病例,现已经证实该疾病是由新型冠状病毒(2019-nCoV)感染引起的。疫情迅速蔓延,波及全国各地及23个国家,截至2020年2月8日,已造成34 955例感染,725例死亡。本文结合最新的研究成果及SARS和MERS的流行病学研究,就2019-n Co V感染的流行特点作一综述,并对疫情发展趋势和防控策略进行探讨。

自2019年12月底以来,湖北省武汉市报告了一组与华南海鲜市场有关的病因不明的肺炎病例,现已经证实该疾病是由新型冠状病毒(2019-nCoV)感染引起的。疫情迅速蔓延,波及全国各地及23个国家,截至2020年2月8日,已造成34 955例感染,725例死亡。本文结合最新的研究成果及SARS和MERS的流行病学研究,就2019-n Co V感染的流行特点作一综述,并对疫情发展趋势和防控策略进行探讨。

关键词： 新型冠状病毒   流行病学特点   新发传染病  

来源： 维普期刊服务平台

浙江省新型冠状病毒肺炎病例流行特征分析

林君芬 吴梦娜 吴昊澄 章涛 吴晨 李傅冬 

《预防医学》  2020年 第3期32卷 217-221+225页

目的分析2020年1月21日—2月20日浙江省报告的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例流行特征,为制定和实施有效的防控措施提供依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统收集2020年1月21日—2月20日浙江省报告的COVID-19病例资料,对浙江省COVID-19病例的时间分布、地区分布、人群分布、症状严重程度和暴露史等流行特征进行描述性分析。结果截至2020年2月20日浙江省共报告COVID-19病例1 284例,其中确诊病例1 176例,占91.59%;无症状感染者108例,占8.41%。1月21日浙江省报告首例确诊病例,1月22日—29日为发病高峰,单日最高87例,随后逐渐下降;1月28...

目的分析2020年1月21日—2月20日浙江省报告的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例流行特征,为制定和实施有效的防控措施提供依据。方法通过中国疾病预防控制信息系统收集2020年1月21日—2月20日浙江省报告的COVID-19病例资料,对浙江省COVID-19病例的时间分布、地区分布、人群分布、症状严重程度和暴露史等流行特征进行描述性分析。结果截至2020年2月20日浙江省共报告COVID-19病例1 284例,其中确诊病例1 176例,占91.59%;无症状感染者108例,占8.41%。1月21日浙江省报告首例确诊病例,1月22日—29日为发病高峰,单日最高87例,随后逐渐下降;1月28日—30日为病例报告高峰,单日最高130例,随后逐渐下降。截至2月4日,浙江省79个县(市、区)均有病例发病,县级覆盖率为87.78%,此后没有再增加。1 284例病例男女比为1.02∶1;年龄集中在30～69岁,1 021例占79.52%;职业以商业服务为主,339例占26.40%;医务人员感染11例,但均非职业暴露所致。以轻症病例为主,1 010例占85.88%;死亡1例。1月23日前,浙江省COVID-19疫情以湖北省输入病例为主,本地病例散在发生;1月27日后转变为以本地病例为主。结论浙江省COVID-19疫情波及面广,人群普遍易感;病例集中在30～69岁,以轻症为主,无医务人员因职业暴露感染。浙江省前期防控措施成效显现,COVID-19疫情已转入低水平散发状态;随着返岗、返工、返学人员增加,建议防控策略从面上防控转为精准防控。

关键词： 新型冠状病毒肺炎   严重急性呼吸道综合征冠状病毒2型   流行特征  

来源：

冠状病毒感染相关多器官功能障碍综合征分子机制和干预药物的生物信息学预测及其对新型冠状病毒肺炎的意义

杨波 卢欣 于睿莉 张皓旻 张钧栋 迟小华 叶芳 卢学春 

《中华老年多器官疾病杂志》  2020年 第3期19卷 182-186页

目的通过对冠状病毒感染相关多器官功能障碍综合征(MODS)分子机制及干预药物的生物信息学预测,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法从公共开放的基因表达数据库(GEO)获取冠状病毒全基因组表达谱数据,利用R语言Impute程序包进行数据标准化,Limma程序包筛选差异表达基因,Robust rank aggregation算法筛选差异显著性基因。进一步的表观调控机制分析利用R语言Clusterprofile程序包,进行GO功能富集、KEGG通路富集分析。再利用本课题组前期建立的表观精准治疗预测平台(EpiMed),筛选潜在干预药物。结果在SARS冠状病毒(SARS-CoV)感...

目的通过对冠状病毒感染相关多器官功能障碍综合征(MODS)分子机制及干预药物的生物信息学预测,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法从公共开放的基因表达数据库(GEO)获取冠状病毒全基因组表达谱数据,利用R语言Impute程序包进行数据标准化,Limma程序包筛选差异表达基因,Robust rank aggregation算法筛选差异显著性基因。进一步的表观调控机制分析利用R语言Clusterprofile程序包,进行GO功能富集、KEGG通路富集分析。再利用本课题组前期建立的表观精准治疗预测平台(EpiMed),筛选潜在干预药物。结果在SARS冠状病毒(SARS-CoV)感染的小鼠中,肺损伤相关通路为哮喘信号通路,心脏损伤相关通路为病毒性心肌炎信号通路,肾脏损伤相关通路为近端小管碳酸氢盐回收信号通路,肝脏损伤相关通路为非酒精性脂肪肝病信号通路,造血功能损伤相关通路为造血细胞谱系信号通路。EpiMed平台筛选出对SARS-CoV感染诱发的MODS具有潜在干预作用的药物,包括肿瘤坏死因子(TNF-α)抑制剂、虎杖、利托那韦、鱼腥草、奈韦拉平、败酱、泛昔洛韦、西多福韦、连翘、α干扰素、磷酸氯喹、瑞德西韦和阿比朵尔。结论SARS-CoV感染可通过器官特异性相关通路引起MODS,并基于这些通路预测出一系列潜在干预药物,有待进一步通过体内外实验和临床验证。这有助于指导COVID-19相关MODS的临床和基础研究。

关键词： 老年人   新型冠状病毒肺炎   多器官功能障碍综合征   生物信息学  

来源：

基于多源异构大数据挖掘的流感病毒防控预测预警平台构建研究

陈翠霞 王小龙 蒋太交 曹宗富 李天君 于磊 喻浴飞 蔡瑞琨 高华方 马旭 

《中国生物工程杂志》  2020年 第1期40卷 109-115页

流感传播速度快,病原变异频繁,影响范围广,对其快速反应与防范对全球来说仍然是一个严重的挑战。医疗卫生和高通量测序技术的组合产生了非常复杂可变的海量的异质异构数据集,对其实现整合挖掘分析是个重要任务。现有逐级上报方式的流感监测体系存在分析结果滞后(1~2周)的问题,与流感病毒变异和传播速度快形成尖锐矛盾。因此,实时而全面的了解其流行动态非常必要。基于以上原因,建立统一的大数据平台,整合不同来源、不同结构的监测数据和特定算法及模型,对信息加以分析利用,并对病毒的流行、发展、变异、控制和反馈进行全生命周期的监控,...

流感传播速度快,病原变异频繁,影响范围广,对其快速反应与防范对全球来说仍然是一个严重的挑战。医疗卫生和高通量测序技术的组合产生了非常复杂可变的海量的异质异构数据集,对其实现整合挖掘分析是个重要任务。现有逐级上报方式的流感监测体系存在分析结果滞后(1~2周)的问题,与流感病毒变异和传播速度快形成尖锐矛盾。因此,实时而全面的了解其流行动态非常必要。基于以上原因,建立统一的大数据平台,整合不同来源、不同结构的监测数据和特定算法及模型,对信息加以分析利用,并对病毒的流行、发展、变异、控制和反馈进行全生命周期的监控,通过时间、地域、环境和病毒之间的关联性等综合分析,形成一个高效安全、快速稳定,且准确及时的流感地理信息图谱预测预警系统,成为提升流感中心信息管理水平的必由之路。

关键词： 流感病毒大数据   流感流行   实时监测   地理信息图谱   预测预警  

来源：

基于高通量分子对接虚拟筛选SARS-CoV-23CL水解酶中药小分子抑制剂及抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中药及其复方预测

马青云 刘辰 杜海涛 张贵晟 闫滨 孙启慧 刘孝云 齐冬梅 杨勇 容蓉 

《中草药》  2020年 第6期51卷 1397-1405页

目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-23CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合"ADME-Lipinski"规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方。基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制。结果以SARS-Co V-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,...

目的基于中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP,运用计算机虚拟筛选技术寻找新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶的中药小分子抑制剂,推测潜在抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中药及中药复方。方法以SARS-CoV-23CL水解酶蛋白为靶点,利用Autodock Vina软件和Python脚本实现高通量分子对接,结合"ADME-Lipinski"规则进行再次筛选,以优选活性成分,推测关键中药及复方。基于网络药理学角度,构建成分-靶点-通路网络,推测核心药对的作用机制。结果以SARS-Co V-2原配体为阳性对照,筛选出66个药动学性质良好的天然小分子抑制剂,优选出12味中药单味药,2个中药药对甘草-桑白皮和金银花-连翘,以及桑菊饮、桑菊饮合银翘散加减等12个中药处方作为抗SARS-CoV-2的候选方案。结论基于高通量分子对接技术虚拟筛选SARS-CoV-23CL水解酶的中药小分子抑制剂及中药,结合网络药理学分析潜在分子机制,为中药抗击SARS-Co V-2提供了科学指导与理论依据。

关键词： 分子对接   新型冠状病毒   新型冠状病毒肺炎   3CL水解酶   中药小分子抑制剂   网络药理学   甘草-桑白皮   金  

来源：

Lessons for managing high-consequence infections from first COVID-19 cases in the UK

Moss, Peter Barlow, Gavin Easom, Nicholas Lillie, Patrick Samson, Anda 

《LANCET》  2020年 第10227期395卷 E46-E46页

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the cause of an ongoing international outbreak of respiratory illness, known as coronavirus disease 2019 (COVID-19). 1–3 In the week commencing Jan 27, 2020, the first two cases were ...

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the cause of an ongoing international outbreak of respiratory illness, known as coronavirus disease 2019 (COVID-19). 1–3 In the week commencing Jan 27, 2020, the first two cases were ...

关键词：

来源：

新型冠状病毒肺炎的消化系统特征与粪口传播问题

周琬琰 陈烨 

《现代消化及介入诊疗》  2020年 第2期25卷 143-145,152页

自2019年12月至2020年3月,全国累计超八万余人被确诊为新型冠状病毒肺炎(Novel Coronavirus Pneumonia,NCP),简称新冠肺炎;2020年2月WHO将其命名为2019冠状病毒病(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)。COVID-19由感染新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起,SARS-CoV-2与此前流行的严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARSCoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)同为β属冠状病毒,其中SARS-CoV通过细胞受体血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进入宿主细胞,最近研究指出,ACE2也是SARS-CoV-2的受体。ACE2不仅在肺泡细胞高表达,在食管、回肠、结肠上皮细胞中也有...

自2019年12月至2020年3月,全国累计超八万余人被确诊为新型冠状病毒肺炎(Novel Coronavirus Pneumonia,NCP),简称新冠肺炎;2020年2月WHO将其命名为2019冠状病毒病(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)。COVID-19由感染新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起,SARS-CoV-2与此前流行的严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARSCoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)同为β属冠状病毒,其中SARS-CoV通过细胞受体血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进入宿主细胞,最近研究指出,ACE2也是SARS-CoV-2的受体。ACE2不仅在肺泡细胞高表达,在食管、回肠、结肠上皮细胞中也有较高表达,说明消化系统可能为SARS-CoV-2感染的潜在途径[1]。

关键词： 新型冠状病毒   ACE2   中东呼吸综合征冠状病毒   肺泡细胞   结肠上皮细胞   细胞受体   肺炎   消化系统  

来源：

Chest computed tomography images of early coronavirus disease (COVID-19)

Chen, Rong Chen, Jun Meng, Qing-tao 

《CANADIAN JOURNAL OF ANESTHESIA-JOURNAL CANADIEN D ANESTHESIE》  2020年 第6期67卷 754-755页

来源：

Successful containment of COVID-19: the WHO-Report on the COVID-19 outbreak in China

Salzberger, Bernd Glueck, Thomas Ehrenstein, Boris 

《INFECTION》  2020年 第2期48卷 151-153页

来源：

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)分期论治经验浅析

张乐乐 李辰 李健 周玲玲 李红梅 袁海鑫 何新立 叶鹏飞 

《中医药信息》  2020年 第2期37卷 17-20页

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病因属性为“湿毒之邪”,基本病机是湿毒闭肺,升降失司,甚则内闭外脱。据此研判新型冠状病毒感染的肺炎病机核心是“湿毒”;以“湿、热、毒、虚”为特点;病位在肺脾;治当“宣肺、解毒、化湿、清热”为原则。围绕“紧扣病因病机,以国家方案为基础,但不拘泥于方案”的思路,提出“辨证施治与经验用药相结合”的治疗理念。在临证的基础上将新冠肺炎分为医学观察期、临床治疗期(寒湿郁肺型)、临床治疗期(疫毒闭肺型)、临床治疗期(内闭外脱型)、临床治疗恢复期(脾肺气虚型),在各个时期针对证型辨证论治,并且在临...

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病因属性为“湿毒之邪”,基本病机是湿毒闭肺,升降失司,甚则内闭外脱。据此研判新型冠状病毒感染的肺炎病机核心是“湿毒”;以“湿、热、毒、虚”为特点;病位在肺脾;治当“宣肺、解毒、化湿、清热”为原则。围绕“紧扣病因病机,以国家方案为基础,但不拘泥于方案”的思路,提出“辨证施治与经验用药相结合”的治疗理念。在临证的基础上将新冠肺炎分为医学观察期、临床治疗期(寒湿郁肺型)、临床治疗期(疫毒闭肺型)、临床治疗期(内闭外脱型)、临床治疗恢复期(脾肺气虚型),在各个时期针对证型辨证论治,并且在临床治疗的同时还应增加精神、心理调治。

关键词： 新型冠状病毒肺炎   分期论治   临证经验  

来源： 维普期刊服务平台

儿童COVID-19的流行病学与临床诊疗特点

王菊艳 王杰民 穆志龙 韩伟 张晟 高颖 马蕾 马吉 焦富勇 

《中国妇幼健康研究》  2020年 第2期31卷 173-177页

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)事件是首发于中国的一起大规模突发公共卫生事件,对我国人民的经济、生活造成了显著影响。在此次事件中,儿童作为特殊群体因机体各系统发育不完善,免疫力较差,更需要受到特别关注。根据COVID-19最新诊疗标准,儿童COVID-19在流行病学、发病特点、临床表现、诊治方面与成人有所不同。该文主要从流行病学、临床诊治方面阐述儿童COVID-19的特点,从而对儿童COVID-19的早期预防及诊治提供参考。

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)事件是首发于中国的一起大规模突发公共卫生事件,对我国人民的经济、生活造成了显著影响。在此次事件中,儿童作为特殊群体因机体各系统发育不完善,免疫力较差,更需要受到特别关注。根据COVID-19最新诊疗标准,儿童COVID-19在流行病学、发病特点、临床表现、诊治方面与成人有所不同。该文主要从流行病学、临床诊治方面阐述儿童COVID-19的特点,从而对儿童COVID-19的早期预防及诊治提供参考。

关键词： 新型冠状病毒肺炎   儿童   流行病学   诊断治疗  

来源： 维普期刊服务平台